母牛怀孕后，各器官发生一定的生理变化，对药物的反应与未孕母牛不完全相同，药物的分布和代谢也受妊娠的影响。因此，孕畜临床不合理用药将导致胚胎死亡、流产、死胎和胎儿畸形，从而造成医源性疾病。
1、孕牛发生疾病用药治疗时，首先考虑药物对胚胎和胎儿有无直接或间接的严重危害的作用。其次是药物对母牛有无副作用与毒害作用。
2、怀孕早期用药要慎重，当发生疾病必须用药时，可选用不会引起胚胎早期死亡和致畸作用的常用药物。
3、孕牛用药剂量不宜过大，时间不宜过长，以免药物蓄积作用而危害胚胎和胎儿。
4、孕牛应慎用全身麻醉药，驱虫剂和利尿剂。禁用有直接或间接影响生殖机能的药物，如前列腺素、肾上腺皮质激素、促肾上腺皮质激素和雌激素。严禁使用子宫收缩的药物，如催产素、垂体后叶制剂、麦角制剂、氨甲酰胆碱和毛果芸香碱。使用中药时应禁用活血祛瘀、行气破滞、辛热、滑利中药，如桃红、红花、乌头等。对云南白药、地塞米松等也应慎重使用。
5、用药时必须考虑药物对胚胎和胎儿有无潜在性危害作用，但要改变那种认为“孕畜用药都是有害”的观点。为了胚胎和胎儿的安全而延误孕牛的治疗，反而损害母牛的健康，造成母牛与胎儿双亡现象。因此，孕牛患病时应积极用药治疗，确保母体健康，力求所用药物对胚胎和胎儿无严重危害作用。