免疫效果不理想时称为免疫失败。免疫失败的原因主要有以下几个因素，病原的变异，疫苗质量，营养与环境家畜个体差异及其免疫水平，人员操作和免疫抑制因素等。
（1） 从病原上看：抗原变异使致病微生物在增殖过程中会发生变异，在生长过程中有时使我们的针对此病原的疫苗所产生的抗体不能够有效地杀死抗原，从而造成免疫失败。
（2） 从疫苗方面看：疫苗的质量，主要抗疫苗的效价，疾苗接种后主体内有个繁殖过程，接种疫苗必须食有足够量的有活力的病原，否则会影响免疫效果。另外，往往因保存温度，运输条件使用时疫苗稀释后的保存温度，都会导致免疫失败。
（3） 从营养和环境看，因供给群体的营养严重不足或群众水准过低，都会影响动物机体的免疫系统的完整性，而造成免疫功能低下。当群体处在健康异常状态时，如发病或久病刚恢复时，因身体的虚弱、机体免疫功能低下，很明显，动物机体的健康状况越好对疫苗免疫应答就越好。另外，动物的年龄、性别、环境、应激等都影响动物的免疫应答，个体之间的差别也是免疫效果出现不同的结果。
（4） 从人员操作看：疫苗用量过大，抗体形成受到抑制，出现免疫耐受或毒性反应。用量少则仅生成IGM，而不生成IgG，同时也产生耐受。因此不宜随意增加或减少。注射部位不当，也会导致失败。如果不了解动物正使用抗菌素，对疫苗的免疫效果有较大的影响。