钝化酶是耐药菌株产生的,具有破坏或灭活抗菌药物活性的某种酶,它通过水解或修饰作用破坏抗生素的结构使其失去活性。
其中乙酰转移酶可使游离氨基乙酰化；磷酸转移酶可使游离羟基磷酸化；核苷转移酶可使游离羟基核苷化。这3类酶可按照所破坏的抗生素的不同和作用位点的不同而分为12种。
每种钝化酶也可能有多种异构酶，目前已知的异构酶共有20余种。这些钝化酶位于革兰氏阴性杆菌的胞质周间隙，而在革兰氏阳性菌中其位置尚不明。
经钝化酶作用后的氨基糖苷类抗生素可能通过下列机制而失去抗菌活性：与未经钝化的氨基糖苷类抗生素竞争细菌细胞内转运系统，减少药物的摄入；不能与核糖体结合；失去了干扰核糖体功能的作用。
不同的氨基糖苷类抗生素可被同一种酶所钝化，而同一种抗生素又可被多种酶所钝化，这是由于抗生素的分子结构中可能存在多个结合点。
细菌钝化酶的产生由质粒所控制，并可通过结合转移或转座子转移到其他敏感菌。产生钝化酶的细菌往往对被其钝化的氨基糖苷类抗生素高度耐药，但也有例外情况。