自上世纪40年代人们发现磺胺类药物可用于防治球虫病之后，陆续发现呋喃类、生物碱类、离子载体类等药物都能用来防治球虫病，已报道的抗球虫药达50多种，其中一些药物由于毒性太大或疗效不佳而被淘汰。近年来仍在生产中应用的抗球虫药有20余种，目前常用的有下列几种。
聚醚类药物 此类药物其分子结构具有一个有机酸基团和多个醚基团，在溶液中带负电荷，作用机理是与钠、钾、钙、镁等在虫体内起重要作用的阳离子结合成脂溶性络合物，协助阳离子进入虫体内，破坏细胞内外的正常离子平衡，使细胞内外形成渗透压差，大量水分进入，最后导致虫体细胞破裂死亡。这类药物还可通过干扰营养物质穿过细胞膜的运输而发挥作用。细菌学试验表明，当膜外的PH值低于膜内时，糖类的运输就受到抑制。同样由于宿主细胞膜被寄生虫损坏后不能在细胞和肠管之间形成有效的屏障，而产生一个低PH值环境，使寄生虫对糖类的吸收受到限制，从而达到抑制虫体生长发育的目的。自1971年美国批准莫能菌素作为抗球虫剂以来，先后开发应用了莫能菌素、盐霉素、拉沙里霉素、马杜拉霉素、海南霉素等。由于聚醚类抗生素具有很广的抗球虫谱，对鸡的6种球虫都有活性，没有严重的耐药性问题，一直被广泛应用。但此类药物之间有交叉耐药性、有累加作用而无协同作用，与化学合成抗球虫药物无交叉耐药性。
地克珠利 属苯腈类最新型广谱抗球虫药，对各种球虫具有极佳的杀灭作用。据试验表明，地克珠利用量少、疗效好、抗虫谱广、毒性极低、安全性高、性能稳定，在饲料加工、制粒等过程中药效均不受影响，可以长期添加于饲料中，在动物屠宰前也无需停药，不会抑制畜禽的生长发育，对柔嫩艾美球虫、堆型艾美球虫、毒害艾美球虫、布氏艾美球虫和变位艾美球虫的抗球虫指数分别达200、200、197、193、183，是一种高效、低毒、广谱、便于应用的抗球虫药。
磺胺类药 用于抗球虫作用的磺胺类药有磺胺喹噁啉、磺胺氯吡嗪钠、磺胺二甲基嘧啶、磺胺间甲氧嘧啶、磺胺间二甲氧嘧啶等，这类药物的主要作用是抑制球虫的生长和繁殖，并无直接杀虫作用。其作用机理是与对氨苯甲酸竞争二氢叶酸合成酶，妨碍二氢叶酸合成，最终影响核蛋白的合成，抑制球虫的生长与繁殖。此类药主要影响球虫第二代无性繁殖，对第一代裂殖体也有抑制作用，但这类药物已使用多年，不少球虫已对其产生耐药性或交叉耐药性，因此应与其它抗球虫药如氨丙啉或抗菌增效剂并用。治疗时，必须使用足够的剂量连续用药，才能见效。否则球虫容易产生耐药性，并将这种耐药性遗传几代。
尼卡巴嗪 主要作用于第二代裂殖体，对球虫生活史的其它阶段无效。对球虫的活性峰期在感染后第4天，感染后48小时用药能完全抑制球虫发育；若在72小时给药，则效果降低。该药对柔嫩、毒性、堆型、布氏和巨型艾美耳球虫均有预防作用，具有高效、广谱、不易产生耐药性，不影响鸡对球虫产生免疫力的特点，且对鸡有促进生长作用，并常被用在轮换用药、穿梭用药或联合用药中。
氨丙啉 常用的是盐酸氨丙啉，具有高效、安全不易产生耐药性等特点，在生活史周期第3天出现高峰作用，主要作用于第一代裂殖体，阻止其形成裂殖子，对有性繁殖和子孢子也有一定程度的抑制作用，故在感染后第3天用药对球虫的抑制作用最强，作用机理是干扰球虫的VBl的代谢，所以在给药期间每千克饲料中VBl含量不应超过l00毫克，以免影响药效。该药在治疗浓度下也不能全部抑制球虫卵囊，所以用该药治疗的鸡对球虫仍能产生一定程度的免疫力。但由于它对小肠球虫作用较弱，故常与其它抗球虫药联合使用。
硝基苯酰胺类 该类药主要作用于球虫第一代无性繁殖期的裂殖体，故在感染的第3天作用最强，主要有二硝基苯酰胺(球痢灵)和硝基氯苯酰胺等，由于作用谱不广，使用有限，主要用于蛋鸡和种母鸡，但与洛克沙胂混合使用，能增强其药效。
喹啉类 本类药物均难溶于水，内服吸收少，毒性小，其抗虫作用与粉末颗粒大小有关，颗粒越细作用愈好。它的抗球虫作用机理是破坏球虫线粒体内细胞色素体系的电子运输。一般制成的颗粒残留量极低，在肝中浓度较高，对鸡的各种球虫均有效，但是，喹啉类是目前抗球虫药中产生耐药性速度最快的一种，现已少用。
克球粉 在我国使用很广，对7种艾美耳球虫均有效，主要作用于子孢子，其抑制作用超过杀灭作用，抑制球虫活性高峰期是在感染后第1天，故用于治疗时无价值，本品能抑制免疫力的产生，停药过早往往导致球虫病的爆发，同时球虫对此药易产生耐药性，产生耐药性的速度仅次于喹啉类，连用2～3年后，其抗球虫指数明显下降，目前用的较少。
二、免疫预防
使用疫苗防治球虫病，可解决抗药性问题，恢复球虫对已产生抗药性药物敏感性，减少药物残留，并可提高肉鸡的生产性能；对于蛋鸡和种鸡，经球虫免疫后不但能使体重和产蛋达标，还可提高鸡群均匀度，既降低成本又提高了产蛋率，顺应了绿色食品的潮流。
目前，世界上已注册的球虫苗有四种：美国的中熟系强毒活苗Coccivac、加拿大的中熟系强毒活苗Immucox、英国的早熟系弱毒活苗Pameox和捷克的早熟系强毒活苗Livacox。其中Immueox疫苗包含堆型艾美耳球虫、巨型艾美耳球虫、毒害艾美耳球虫、脆弱艾美耳球虫，主要应用于肉鸡和仔鸡。Coccivac-B疫苗包含堆型、巨型、变位、脆弱艾美耳球虫株，主要应用于重型肉鸡和仔鸡。Coccivac-D疫苗包含8种虫株，即堆型、哈氏、布氏、巨型、变位、早熟、毒害、脆弱艾美耳虫株，主要应用于种鸡和商品蛋鸡。Paracox疫苗是一种全价苗，包含7个虫株，并且其中E.maxima有两个株，主要用于种鸡。Livacox疫苗是一种3价苗，包含了堆型艾美耳球虫、巨型艾美耳球虫、脆弱艾美耳球虫，每种一个株，主要应用于肉鸡。
为保证疫苗的使用效果，在生产中选用球虫疫苗时，首先要考虑各种球虫之间有没有交叉免疫保护，如果有应使用多价疫苗，以获得全面的保护；其次是应尽量采用致弱虫株，特别是早熟致弱株，既可诱导出强大的免疫保护，又可减轻疫苗本身对机体造成的损害；第三是轮换使用球虫苗，一般以球虫苗在同一鸡舍或鸡场2～3批肉鸡连续使用后，按传统的方法用抗球虫药预防2～3批鸡，再换用球虫苗免疫2～3批鸡，依此类推；第四是球虫疫苗不能用于紧急接种，且接种前后饲料中不得添加抗球虫药，不得使用影响免疫的药物如地塞米松等以及影响球虫发育的药物如磺胺类、呋喃类及四环素等药物。
三、提高防治效果的方法
实施轮换、穿梭、联合用药 低浓度长时间使用一种药物，容易产生耐药性虫株。因此，根据药物的各自特点,采用轮换、穿梭、联合用药方案来提高对球虫病的防治效果是当前最常用的方法。轮换用药即第一批鸡使用一种抗球虫药，第二批鸡使用另一种化学结构不同的抗球虫药。有研究表明化学结构相似或作用机理相同的抗球虫药存在交叉抗药性，所以在轮换用药中应尽量避免使用作用方式相似的抗球虫药。
穿梭给药是根据球虫病高发阶段用高效球虫药，低发阶段用低效球虫药的原则，对鸡不同生长阶段使用不同的抗球虫药，以保证给药方案合理有效。联合用药是解决耐药性形成的另一有效策略，是将两种或多种抗球虫药按最佳比例配合使用，既可提高疗效，又可降低单一药物的使用浓度，在一定程度上延缓了球虫耐药性产生的速度，保持了其对抗球虫药的敏感性。但在选择和使用药物时，一般作用峰期在感染后第1至2天的药物，其抗球虫作用较弱，多用作预防和早期治疗。而作用峰期在感染后第3、4天的药物，其抗球虫作用较强，多作为治疗应用。在穿梭和轮换用药时，一般先使用作用于第一代裂殖体的药物，再换用作用于第二代裂殖体的药物，这样不仅可减少或避免耐药性的产生，而且可提高药物的防治效果。许多试验证明，球虫刺激机体产生免疫力的阶段主要是第一代裂殖体。所以，抗球虫药因抑制球虫发育阶段的不同，直接影响鸡对球虫产生免疫力。作用于第一代裂殖体的药物，可影响鸡产生免疫力，故多用于肉鸡，蛋鸡和肉用种鸡一般不用或不宜长时间应用，作用于第二代裂殖体的药物，不影响鸡产生免疫力，故可用于蛋鸡和肉用种鸡。