丽水市农科院动物科学研究所以“五水共治”为契机，积极开展畜牧业科技创新，促进当地畜牧业转型升级。农科院动科所通过调研和技术创新，以“改善养殖环境，减少养殖污染，降低养殖成本”的科研思路。采取科技合作方式，与丽水当地畜牧产业基地联姻，先后指导规模化猪场采取种养结合和资源化利用的生态养殖模式；指导规模化羊场以揉碎包膜青贮的青贮方式利用当地丰富的农作物秸秆和饲草资源，降低养殖和饲草加工成本；指导规模养殖场采用离地地漏板的养殖设施、自动饮水和供料系统，降低养殖管理成本。通过一年多的院企科技合作，各合作养殖实体就饲料资源的开发和利用、养殖的品种、养殖模式、养殖设施以及污水处理等方面的提升已现成效。
目前，有丽水市昊阳农业开发有限公司、丽水明峰山羊养殖场、莲都五谷丰登种植养殖专业合作社、浙江省暖羊羊生态农业有限公司、缙云县山谷畜禽专业合作社等5家养殖企业与农科院动科所建立了科技合作关系，取得良好效果，并在当地发挥了很好的示范作用。
