为了促进企业成为技术创新的主体，国家科技部公布118家企业技术中心成为“国家认定企业技术中心”，哈药集团有限公司技术中心名列其中，成为黑龙江省医药行业唯一一家获得认定的企业技术中心。多年来，通过实施技术创新战略，哈药集团逐步形成了“一个中心五个分中心”的企业科技研发体系。即以哈药集团技术中心为核心的生物工程药物研发中心、以哈药总厂为基础的抗感染药物研究中心、以中药二厂为基础的现代中药研究中心、以哈药三精为基础的药物制剂研究中心、以哈药六厂为基础的OTC药品及保健食品研究中心、以生物制品一厂为基础的动物疫苗及兽药研究中心。企业技术中心先后承担了“原位合成基因芯片技术研发”及“用基因芯片研究中药抗癌粉针机理”两个国家“863”项目；“注射用刺五加研究”课题被列入“国家‘十五’重大科技专项”；“真核细胞表达的重组蛋白技术研发创新能力”研究专题被列入国家技术中心创新能力建设项目；“抗生素专利战略研究”项目被列入国家知识产权局专项课题，并相继取得突破性进展。2001～2005年，哈药集团共获得新产品批文208个，30项科研成果分获省、市科技进步奖，获得授权专利44个，其中发明专利7个、中药保护品种28个。
