通常热带风暴都伴随着大雨或暴雨，台风暴雨之后必有大疫。台风暴雨必然使空气湿度增加，天气炎热，高温高湿，造成畜禽产生应激，机体免疫力下降，细菌、病毒迅速大量孳生，带来畜禽疾病的暴发或大流行。畜禽容易发生动物传染病有感冒、肺炎、禽流感、口蹄疫、炭疽病、沙门菌病、巴氏杆菌病、大肠杆菌病等多种疾病。如果不注重加强饲养管理和疾病预防，一旦暴发或流行疾病，必将给养殖业带来极大的经济损失。
为加强畜禽疾病的防治应采取以下措施：
一、迅速开发全面的环境清理卫生工作。
台风过后，环境破坏严重，房屋倒塌，树木倒伏，地面积水，垃圾遍地，应迅速对住房周围、饲养场、动物及其产品交易市场、屠宰场、畜产品加工场地进行清理打扫，整理环境；保持栏舍卫生，注意通风换气，及时排出栏舍、饲料储存场所内的不良气体。
二、环境消毒。
环境清理打扫完毕后，立即开展全面消毒。对畜禽栏舍进行一次彻底全面消毒、灭源工作。特别是规模饲养场户要用动物防疫部门分发的消毒药进行彻底消毒，消毒池内的消毒药要每天更换一次。散养户可用10～20%的石灰水或20～30%热草木灰水进行消毒。
三、严格处理病死畜禽。在对饲养场所进行彻底清扫和全面消毒的同时，发现死亡畜禽一定要按规定做好无害化处理，严禁食用，以防中毒和疾病扩散传染。死畜尸体深埋处理：一般坑深2米以上，在底层洒上石灰，尸体入坑后，洒上石灰或消毒药，再复以厚土。有条件的地方可以采用焚烧处理。
四、加强饲养管理。要及时修复被台风毁坏的栏舍，注意饮水卫生，提高饲料的营养成份配比，适当增加维生素、蛋白、能量，禁止饲喂变质饲料。防止肠道等传染病发生，可适量添加抗生素，提高营养水平，加强饲养管理，提高抵抗力，减少应激反应而造成的经济损失。注意饲料中毒。饲料饲喂前必须进行仔细的检查，不要用霉败变质的饲料饲喂畜禽，防止被饲料生产、加工和经营者出售霉败变质饲料坑害。
五、做好疾病预防工作。对未在免疫保护期内的畜禽立即进行免疫预防。同时严禁非本场内的其他动物及其产品进入场内，防止疫病的传入与发生。对健康的畜禽可采取以下措施进行预防：
1．防寒防潮保暖：对幼畜如小鸡、犊牛、羔羊等要关好，避免早晚凉风直吹，斩停放牧，保持栏舍干燥；
2．药物预防：给正常畜禽进行药物预防，如抗生素（青霉素，链霉素等）、维生素C、复合维生素等，通过饮水、投料、灌服或肌肉注射等方法；
3．高温降暑措施
（1） 畜舍设施上：
A、注意遮荫，用遮阳膜、湿稻草等遮盖畜舍屋顶、中转场。
B、要注意停电。目前拉电频繁，对畜禽影响很大，特别是集约化鸡场、猪场要自己配备发电机。
C、水塔、水箱要灌满水，不能停水。
（2）管理方面：
A、注意通风，早晨、傍晚打开门窗，中午高温时用排风机降温，冷水冲淋。
B、放牧家畜要避开中午阳光直射，选择早晚放牧。
C、栏舍中的水糟不能断水。
六、及早治疗。发现生病畜禽应及时采取治疗措施，防止疾病漫延。
七、加强检疫工作。要加强灾后畜禽及其产品的检疫工作，避免病、死畜禽流向市场，以保障人民身体健康，减少畜禽疫病的发生与传播。
八、加强疫情监测。要加强禽流感、五号病、猪瘟、新城疫、鸭瘟、禽出败等动物疫情的监测，及时准确掌握疫情动态，准备相应的疫苗等应急物资。要特别做好一类传染病、人畜共患病等动物疫病的监测工作，一旦发现疫情，要立即报告。
