目前，养虾业已成为海水养殖业中举足轻重的支柱产业。随着虾养殖规模的不断扩大、集约化程度的提高以及虾生存环境的变化，疾病的危害程度也随之增大。近年来，由于健康养殖的需要，中草药制剂在水产养殖中的应用日趋广泛。
防治白斑综合症病毒
给南美白对虾喂服中草药复合制剂对虾病毒净，连续投喂5d~7d，每天2次，取得了一定疗效，病情都得到了很好的控制，控制率达80%以上，并在一定程度上也控制了白斑综合症的传播。当添加复方中草药浓度为0.1%时，连续饲喂26d，对虾抗病力的提高最为明显。若饲喂时间过短或过长，对虾抗病力的提高均不明显，连续饲喂比间断饲喂效果要好。
防治桃拉综合症病毒
将9味中药(黄芪、猪苓、杜仲、枸杞子、鱼腥草、甘草、陈皮、茯苓、黄连)制剂的饵料喂养南美白对虾，在季节交替期每日投喂中药，试验池对虾桃拉病毒病的平均发病率较对照池低37．2%，试验池对虾的平均产量与平均成活率分别比对照池高。在基础饵料中添加1.5%中草药复合制剂，经过中试及大面积扩大试验，发现能够有效阻断核酸合成，抑制南美白对虾传染性病毒繁殖，同时提高对虾机体免疫力，可有效预防及治疗南美白对虾由桃拉病毒造成病毒性疾病，且不易反复。
防治弧菌属细菌所致疾病
在罗氏沼虾的基础日粮中添加大黄蒽醌提取物后，12小时、24小时、48小时的罗氏沼虾试验组血清溶菌酶活性以及肝胰腺溶菌酶含量均比同期对照组提高，从而提高罗氏沼虾的免疫水平，降低罗氏沼虾对鳗弧菌的敏感程度，增强其抗病力。利用抗生素占基础原料的0.3%～0.6%、中草药占基础原料的1.5%～2%的饵料，对6种病原菌引起的中国对虾“红腿病”进行防治，防治效果都比较理想，而且病虾对所投药饵主动抱食，有利于发挥药物的作用，提高了防治效果。在基础饲料中添加中草药制剂（添加剂由黄芪、板蓝根、金银花、生石膏按比例配制而成），对凡纳滨对虾血清中超氧化物歧化酶、碱性磷酸酶、酚氧化物酶和溶菌酶有显著影响。
防治嗜水气单胞菌所致疾病
将大黄、黄芩、党参、板蓝根等10余味组成复方药物，经粉碎、过筛后按比例添加于基础饲料中制成颗粒药饵，能显著增强青虾血细胞吞噬百分比和吞噬指数、血清溶菌酶活力，提高了青虾对嗜水气单胞菌攻毒的免疫保护率，卡方检验结果表明各试验组与对照组之间差异极显著，表明添加复方药物能有效地预防嗜水气单胞菌对青虾的感染。
防治其他细菌所致疾病
使用一定量的石营蒲煎煮液和一定量的霍香煎煮液浸泡罗氏沼虾，对罗氏沼虾的莫格球拟酵母病具有明显的治疗效果。
防治寄生虫疾病
寄生虫疾病是水产养殖的重要疾病之一，其造成的危害仅次于细菌性疾病，其中纤毛虫和聚缩虫危害较大。研究表明，重楼甲醇提取物对纤毛虫的杀灭作用最强。当重楼甲醇提取物浓度达到一定程度时，对寄生在罗氏沼虾上的纤毛虫(聚缩虫和靴纤虫)杀灭率为100%。将苦参、大黄、百部、贯众、五倍子单独粉碎成末，以一定的比例混合，将中草药用蒸馏水煎煮提取有效成分，采用15mg/L中草药合剂浸泡中国对虾，可有效杀灭聚缩虫而不对中国对虾产生毒害。