绿头野鸭的泌尿系统由肾和输尿管组成。肾分前、中、后3叶，前叶最大。整个肾脏嵌入脊柱与骼骨形成的陷窝内。雌鸭的右肾稍大于左肾。肾由无数弯曲的肾小管所构成，每一肾小管的末端扩大凹陷成双层囊，囊内为血管球（肾小球），肾小管与肾小球合称肾单位。肾单位是肾脏的基本功能单位。肾小管连接集合管，后者又汇合成较大的集合管，最后导向输尿管。无肾盂和膀胧。
输尿管起始于前叶几个较大的集合管，从中叶起沿肾内侧缘处向后行，最后开口于泄殖腔。输尿管的管壁较薄，常因管内含有尿酸盐结晶而呈白色。输尿管的作用是生成和排出尿液。
肾脏从血液中滤出水分和一些被机体利用过的物质，随同代谢产物排于尿中，尿液通过重吸收再保留身体所需的葡萄糖、水分及其他物质，借助这些过程使肾脏成为一个重要的保持平衡的机构。因此，肾脏在调整体液的酸碱平衡和维持渗透平衡中起着重要的作用。
