绿头野鸭的皮肤较薄，由表皮、真皮和皮下组织组成。皮肤无汗腺和皮脂腺，仅在尾综骨背侧有一对发达的卵圆形的尾脂腺，能分泌出一种脂肪样物质，可保护羽毛，使羽毛光滑，并能防水。尾脂腺内还含有7-脱氢胆固醇，这种胆固醇经紫外线作用，能转变成野鸭所需要的维生素D3。当涂在羽毛上时可被皮肤吸收。
绿头野鸭的皮肤在趾间形成皮肤褶，称为蹼。
羽毛是绿头野鸭皮肤的重要衍生物，按其结构可将羽毛分为3 种。
( 1 ）真羽：由羽轴和羽片组成。羽轴埋入皮肤的部分称羽根，构成羽片部分称羽干。从羽干向两侧分出平行的羽枝，羽枝上再分出羽小枝，羽小枝再分出带有钩状突的羽纤枝。羽小枝通过羽纤枝上的钩状突，相互联结而成片状，称为羽片。
( 2 ）绒羽：有羽轴、羽枝、羽小枝，但羽小枝与分出的羽纤枝间相互不勾结，故不成羽片。
( 3 ）发羽：无羽轴、羽片之分，形似头发。
雄性绿头野鸭在颈的上段具有翠绿色的羽毛，而雌鸭则无。羽毛的颜色主要取决于羽毛内的色素颗粒。
