循环系统包括血液循环器官、淋巴器官和造血器官。
血液循环器官由心脏、动脉系统、静脉系统、血液循环组成。心脏：心脏较大，以适应飞翔时的强烈工作。静脉窦已消失，与右心耳合并。其心脏由4 部分组成：即两心耳和两心室，而且左右两部完全隔离。右心室较薄，左心室较厚。右耳室孔只有一个大的肌瓣。左耳室孔有两个独立的膜性瓣，由腱连于心室瓣，称为二尖瓣。在出自右心室的肺动脉及出自左心室的主动脉弓的基部各有3 个半月瓣。
动脉系统：成年绿头野鸭仅有一条由左心室分出的右主动脉弓。它在离开心脏后分出一对无名动脉。从无名动脉再分出颈总动脉、锁下动脉及胸动脉。主动脉弓转向背部，成背主动脉，分出腹腔动脉、肠系膜前动脉、肾腰动脉、肾股动脉、腰动脉、肠系膜后动脉、骼内动脉和尾动脉。肺动脉自右心室发出，分左右两支至肺部。
静脉系统：由前腔静脉、后腔静脉、肝门静脉和肾门静脉组成。前腔静脉由胸静脉、锁下静脉及颈静脉汇合而成。后腔静脉由肝静脉与总骼静脉汇合而成。总骼静脉由股静脉、肾静脉、肾门静脉、臀静脉、骼内静脉以及尾静脉汇合而成。尾静脉由尾-肠系膜静脉与肝门静脉相接。肾门静脉收集尾静脉、骼内静脉和坐骨静脉的血，直接通至骼静脉，仅少量血液通至肾脏。肝门静脉收集胃、肠、肝、胰的血至肝脏。左右肺静脉汇合后入左心耳。
血液循环：血液循环为两个循环的过程：从左心耳来的多氧血流入左心室，又由左心室沿主动脉弓及其分支流向身体各器官，再经静脉回到右心耳，这叫做大循环。少氧血从右心耳进入右心室，并沿肺动脉流入肺部，再经肺静脉回到左心耳，这叫做小循环。
淋巴系统：大淋巴管有左右两条胸管，开口于两侧的大静脉。淋巴结位于颈部和腹部。脾脏为一个卵圆形的紫色小球，腺胃的右侧和十二指肠附近。
腔上囊：位于泄殖道与肛门交界处的背侧，为一梨状盲囊。其壁由三层构成。
鸭的红细胞呈椭圆形，在高温或兴奋时血液浓度会增高。同时，失血、性别、产蛋季节等因素也能改变血液组成。红细胞与血红蛋白的数值雄鸭高于雌鸭，在性成熟时较为显著。其中鸭每立方米红细胞为306 万，血红蛋白为15.6 克／100 毫升。
