绿头野鸭的呼吸系统包括鼻腔、喉、气管、肺及气囊等。
鼻腔：短而狭窄，由鼻中隔将其分为两半鼻腔，鼻腔后孔通咽。鼻孔位于喙基部的背侧面上，鼻孔周围有柔软的蜡膜，因鼻中隔达不到此处，故两鼻孔是相通的。
喉：由环状软骨和一对勺状软骨支持。在气管的分枝处有一特殊的骨质鸣腔泡，谓之鼓室，为发声部位。
气管：由很多软骨环构成。幼龄时，此软骨为小片，随年龄的增长而成为完整环。老龄鸭几乎全部骨化。
肺：紧贴于脊柱与肋骨，且1 / 4 部分在肋间隙内。呼吸时，气体经过肺运行并沿肺内管道进出气囊。
气囊：是容纳空气的膜质囊。气囊的一端与支气管相连，另一端与四肢骨骼和其他骨骼相交。气囊共有9 个：即一对颈气囊、一对前胸气囊、一对后胸气囊、一对腹气囊和一个锁间气囊。此外，尚有许多自气囊分出的小管通入肌肉、皮下和骨腔内。气囊具有贮存气体、增加空气的利用率的功能，以调节体温，减轻体重，增加浮力等。
