随着我国人民生活水平的提高和无公害食品的发展，国内、国际市场对食品安全要求越来越高，畜禽产品生产的安全问题也越来越受到人们的重视。中兽药是天然植物产品，具有无药物残留的特点，是首选的绿色兽药产品。大量科学实验证明，许多中草药不仅本身具有良好的抗菌、抗病毒作用，更可以增强机体器官和组织的屏障防御功能，这种独特的作用符合当今绿色环保的潮流，但其发展也面临诸多问题。
1.国家主要部门对中兽药的作用、发展必要性认识不够，上下缺乏沟通和共识，造成支持和投入力度不够。如目前中兽药的质量标准体系不完善，质量检测方法及控制技术比较落后；中兽药生产工艺及制剂水平低；中兽药研究开发技术欠缺，创新能力较弱；中兽药企业管理水平普遍偏低，市场竞争力不强，更谈不上国际竞争力。为加强科技进步和技术创新，推进中兽药现代化，建议农业部设立相关部门，专门负责我国独具民族特色的中兽医学发展。并制订政策，如“中兽医现代化发展纲要”，可以参照科技部、国家经贸委、卫生部药品监管局、知识产权局、中医药局、中科院等相关单位制定的国家《中药现代化发展纲要2002-2010年》。农业部再与科技部等国家职能部门沟通，支持中兽药的立项事宜等。
2.人员分散，形不成团队，故而攻关能力薄弱。建议科研院所、院校与企业实质性地结合起来，也就是过去所说的产、学、研三结合问题。构筑国家现代中兽药创新体系，在政府的宏观指导下，集中高校、科研机构、制药企业等多方面力量，通过整体布局、资源重组、机制创新，构筑研究开发体系完整、技术装备先进、人才结构合理、创新能力较强、管理科学规范的现代中兽药创新体系。
3.中药资源可能处于紧张状态。全国兽药企业齐上阵都大量生产中兽药，资源可能出现短缺现象。为此必须坚持资源可持续利用和产业可持续发展原则。在充分利用资源同时，保护资源和环境，保护生物多样性和生态平衡。开展中药资源普查，特别要注意对濒危和紧缺中药材资源的修复和再生。防止流失退化和灭绝，加强中药材野生变家种家养研究。加强中药材栽培技术研究，实现中药材规范化种植和产业化生产，发展绿色药材。
4.缺乏完善的现代中兽药标准和规范。从中药种植、研究开发、生产、销售的标准和规范，到保证中兽药产品的安全有效、质量可控，这些问题，一直没能得到彻底解决，严重地制约着中兽药的发展及走向世界。为此，建议加强中药材规范化种植和中药饮片炮制规范研究，建立中药材和中药饮片的质量标准及有害物质限量。
加强符合中兽药特点的科学、量化的中药质量控制技术研究，提高中兽药、中兽药新药等的质量控制水平。以中兽药注射剂为突破点，逐步扩大指纹图谱等多种方法在中兽药质量控制中的应用。
