《日本产经新闻》刊登了“肯定列表制度将带来长期化的影响”的文章称：《农业化学品肯定列表制度》实施后，由于通关和审查手续等问题长期化，对日本市场的影响开始出现，豌豆、活鳗发生的违反事件已经达到20多起，进口商迫切希望对中国的生产者加强管理。
日本贸易振兴机构称：受强化检查手续的影响，今后相当长的期间通关检查的天数将从过去的3天延长至4-5天，在周末要7-8天，将导致鲜活商品（蔬菜、鲜活水产品等）进口成本上升，进口量下降。
从《肯定列表制度》实施后到14日止，共检出美国和亚洲的违反事例51批次，其中中国大陆20批次，具体品种有豌豆、活鳗、烤鳗、冻鲭鱼、果冻等。
中国CIQ有关人士称：《肯定列表制度》实施后，农产品涉及的残留限量标准成倍增加。如猪肉的检测项目将从原来的25个，飙升至428个，增加了近10倍；茶叶的检测项目将从89个增加到276个；大米则从原来的129个检测项目增加到579个，也都增加了3－4倍。《肯定列表制度》对农产品出口的影响，首先表现在通关时间的延长和成本的增加。康大集团有关负责人指出，“检验项目增多，检验时间延长，货物在港口的滞留时间将有所延长，每批产品检验费用增加3万元。同时，还会增加养殖生产的成本，每一批产品将增加成本6到7万元。日本对中国洋葱的依存度很高，90%以上依靠从中国进口，今后也可能受到影响，目前由于天气不好、货源不足，价格开始上升。广东1-4月烤鳗出口量比去年同期增加58.1%，但最近16家烤鳗厂已经停产。从中国进口新鲜食品和加工品的大商社或食品加工企业以菠菜残留农药停止进口的事件为契机，强化从合同农户订货至出口通关的产品朔源制度、强化管理体制的经验，值得各商社效法。
目前，部分日本人士担心肯定列表制度将导致食品进口量下降，日本市场食品价格大幅度上涨；也有部分人士认为，媒体公布的一系列违规事件说明进口食品的安全没有保障，转而购买价格较贵的国产食品。
