良种繁育体系是生猪生产的重要基础，系推进养猪业持续健康高效发展的重要保障。近年来，重庆以建设国家现代畜牧业示范区为契机，通过“种猪生产系统+技术支撑系统+监督管理系统”的“三合一”（见下图）有机融合，协力打造现代生猪良种繁育体系，取得显著成效。截止目前，建成了国家级生猪核心育种场2个、部级种猪性能测定站1个、外种猪原种场5个、地方猪资源场5个、祖代场34个、种公猪站点50个，除满足市内需求外，年向外提供优良种猪4万头、仔猪200万余头，初步建成了生猪良种供种高地。
种猪生产系统：生猪良种繁育的基础。以完善种猪场、资源场和人工授精站点建设为基础，提高种猪质量和供种能力为目的，重庆加大了对外种猪引进与选育、疫病监测与净化、粪污处理与利用等方面的财政支持和业主投入，强化了人工授精站测定种公猪配备与培育、精液生产与储运等工作，形成了较为完善的原种场、祖代场、父母代场与人工授精站相结合的“宝塔式”生猪良种繁育点链载体。
技术支撑系统：生猪良种繁育的关键。以畜牧技术推广机构为主体，集聚科研、教学、管理、企业的科技资源组建了“一主多元”的生猪遗传改良协作组，紧密结合农业部种猪质量监督检验测试中心（重庆）的建设与运营，着力实施部、市生猪遗传改良计划，推进生猪核心育种场和资源保护场建设，支持种猪企业的兼并扩容，合力开展外种猪联合育种和地方资源保护，为良繁体系建设提供坚实技术支撑。
监督管理系统：生猪良种繁育的保障。以保证供种质量为目的，行业管理部门和农业综合执法部门密切配合，建立了联席会议制度和综合执法机制，实现了种畜禽生产经营的全程监管；市农委将种畜禽监管作为农业综合执法的重点内容，颁布《种畜禽生产经营许可管理办法》，实施“准入严控、证后严管”制度，加大对种畜禽场、公猪站点的监管，定期对种猪场进行审核评估，定期发布审核结果；立足于生产打基础、育种上水平、供种提质量、引种强监管的基础上，完善了种猪良种繁育、生产经营监管、科学推广利用的良性运行机制；利用技术支撑系统、兽医防疫追溯系统，开展种猪测定、按质竞价，提高了种猪质量和供种能力。
实践证明，三个系统的有机融合，是完善生猪良繁体系建设的重要手段，是促进生猪种业提档升级的有效措施，对促进现代养猪业向高产、优质、高效、生态、安全发展具有十分重要的意义。