为了减少多头管理，降低监管漏洞，整合执法资源，积极探索管理模式和执法运行机制，各地相继开展了畜牧兽医综合执法，由于存在编制、职能、人员、经费不能同时配套完善，造成编制有了，职能划分不清；职能清了，人员不到位；人员有了，经费不到位，业务素质有待提高等新的问题不断涌现，因此，基层畜牧兽医综合执法流于形式的较多，日常监管无从谈起。资源要素整合了，同时监管范围也扩大了，有的地方只重视兽药生产和经营环节的查处，对兽药行业的重点养殖环节监管力度不够，造成违规兽药市场大，违法查处难度大。
同时，社会组织涉及面大，未发挥自身作用，行业自律行为较低。基层畜牧兽医行业和企业检测能力不高，技术人员匮乏。基层畜牧兽医行业在职能部门中门槛低，各级领导重视不够等原因，也是造成兽药产业监管不力的重要原因。
