12月30日，农业部、卫生部召开第三次联防联控会议，分析当前禽流感疫情及防控工作形势，讨论审议了农业部关于加强城市鸽子防疫工作的意见，研究进一步加强部门合作的具体措施，共同做好禽流感防控工作。农业部部长杜青林、卫生部部长高强、农业部副部长尹成杰、卫生部副部长王陇德及国家首席兽医师、农业部兽医局局长贾幼陵等有关负责人和禽流感专家参加了会议。
会议总结了前一时期农业、卫生两部门禽流感防控合作机制实施的情况，以及在防控工作中取得的成效。一是建立两部防控禽流感及其他重大人畜共患病领导小组和工作小组，通过完善协调机制，有效开展防控工作。二是建立健全疫情通报制度和定期例会制度，及时相互通报禽流感及其他重大人畜共患病监测结果，定期商讨防控工作中存在的问题，提出应对政策和措施建议。三是加强两部门禽流感及其他重大人畜共患病实验室间的合作，交换有关病料和病毒分离株，开展疫情诊断和疫苗研制等方面的合作。四是充分利用卫生和兽医专家资源，组织对重点地区疑难病例开展联合调查。
会议认为，目前我国禽流感防控工作取得初步成效，但仍要保持高度警惕。随着我国全面免疫政策的实施，绝大多数家禽已经免疫，保护水平普遍提高；北方候鸟季节性迁徙活动己经结束，候鸟传播疫情的风险降低；发生的疫情均得到及时有效控制和扑灭，没有进一步扩散；突发疫情应急处置能力逐步增强。尽管目前疫情趋于平稳，防控工作取得初步成效，但今冬明春还存在大范围暴发疫情的危险，仍要保持高度警惕。主要是冬季迁徙候鸟在南方省份活动，带毒候鸟与水禽接触频繁；部分偏远地区散养家禽还存在漏免情况；“两节”期间活禽长途调运，容易引发疫情。加之，周边国家疫情不断，对我构成严重威胁。我国散养家禽比例较大，人禽密切接触，人间禽流感病例零星发生的可能性依然存在。
双方还就当前禽流感防控工作中存在的问题进行了深入分析。一是人间禽流感传播途径和规律的研究有待进一步加强。目前广西、安徽、福建3省区4例人间禽流感病例呈现明显特殊性，病例所在地家禽没有发生疫情，特别是福建病例没有发现与病死家禽接触史。二是基层卫生和动物防疫体系薄弱。在县以下医疗机构人员救治和人间病例采样还需要加强。在一些地方，动物防疫机构和队伍不健全，特别是山区和偏远地区农村散养禽防控难度大，有的存在对零星死亡家禽没有及时报告、及时处置的现象。三是禽流感诊疗方案有待完善，病人治疗手段有待改进，提高病人救治水平。
双方明确了下一步防控重点及具体开展的工作。一是近期组织召开高层专家研讨会，进一步加强禽流感病毒传播规律，特别是福建省人间禽流感病例的分析研究。二是加强新型高效疫苗研制工作，改进和完善人间禽流感患者的有效救治方案。三是进一步加强疫情监测及疫情通报，在重点地区疫情监测工作基础上，加大经常性疫情监测力度，及时发现疫情隐患，及时相互通报疫情监测结果，以利于人间病例的早发现、早治疗。四是加强疫病防疫体系建设。进一步加强公共卫生体系建设。当前，要加快推进兽医体制改革，建立健全兽医行政管理、执法监督、技术支撑三个体系，健全乡镇畜牧兽医站，尽快改变一些地方“人散、线断、网破”的状况。五是共同研究制定国家高致病性禽流感防控战略，明确近期和中长期防控目标、措施和防控重点。六是联合开展防控禽流感健康宣传活动，充分利用现有项目资源，广泛开展针对广大农民的宣传，普及防控禽流感知识。七是进一步加强专家小组沟通与联系，通过经常性学术和技术交流，及时沟通，互相启发，相互信任，互相支持，共同做好禽流感防控工作。八是共同开展国际交流与合作，积极参与明年1月由中国和世界银行、联合国粮农组织等国际组织共同组织的世界防控禽流感筹资大会等，加强与世界卫生组织、联合国粮农组织和世界动物卫生组织等国际组织合作。
