２１日发布的《中医药创新发展规划纲要（２００６－２０２０年）》指出，中医药目前面临医疗保健服务能力不高、现代产业基础不强、现代科学基础薄弱三项挑战。
《纲要》指出，目前我国中医医疗保健服务能力尚有待提高。中医学未能充分吸收近代科学的成果而始终保持着具有自身特点的发展方式，相对于现代医学解决问题的能力和普及水平的快速提高显得发展比较缓慢，还不能很好满足现代生活条件下不断增长的社会需求。在西方发达国家，中医药还未能进入医药保健主流市场，其医疗价值和市场潜力亟待挖掘。
中医药产业缺乏优质高效的产品，研发和创新能力薄弱。中药产业链尚有待完善，中药农业刚刚起步，中药资源的可持续发展与合理利用及相关生态环境问题尚未得到有效解决。中药工业生产工艺和工程化技术落后，生产效率和综合利用能力相对低下，缺乏标准化的专用制药工业装备。中药出口以原料为主和依赖老品种的局面没有明显改观，中药产品在发达国家进行药品注册尚未取得实质性突破，而“洋中药”返销进口有增长趋势。
《纲要》指出，中医药现代科学基础薄弱，集中体现在用传统概念表达的中医药理论的科学内涵难以被现代社会普遍理解和接受；复方中药的物质基础和作用机理等现代研究一直没有突破；适合自身特点的研究、评价方法和标准规范体系尚未建立，自主创新体系尚未形成，制约了中医药现代化、国际化进程。
目前西方国家利用其技术和资金优势，已经开始运用新的理论和方法研究中医药，这对于中医药的国际化无疑是一个挑战。
