上海国家生物产业基地在聚焦发展生物医药领域的同时，结合上海都市农业的特点，重点围绕优质家畜育种、种质创新、兽用疫苗等领域，积极推进都市现代农业生物技术发展，努力提高上海农业生物技术服务全国的能力，并已取得显著成果。
上海光明乳业已初步建成国际标准奶牛育种体系，其生产的纯种荷斯坦奶牛冷冻精液2006年所占全国市场份额预计达到38%；上海水产大学培育的团头鲂品种“浦江1号”可实现单位水面增产10%-20%，目前已推广到全国近20个省市，2006年其生产的团头鲂鱼苗预计占全国需求总量的50%；上海农科院开发的具有自主知识产权的“沪油”系列油菜品种，已在长江中下游地区（江浙沪皖）推广面积累计达到2500万亩，占该地区越冬油料作物面积的10%以上；上海农科院育成了全球第一个旱稻不育系，并已选育成功杂交旱稻，在节水50%情况下，产量可达到450公斤，目前累计推广面积已达到400万亩；上海交通大学和上海农乐生物制品股份有限公司自主研制开发的一类新药农药“申嗪霉素”（M18）能抑制真菌性病害，达到当今国际水平。目前，该新药已推向全国10个省市，并正在抓紧进行美国、泰国等国家的出口登记工作。另外，上海研制的猪链球菌二联灭活疫苗、猪细小病毒灭能疫苗、鸡球虫三价活疫苗、猪五号病亚单位工程疫苗等多个生物疫苗获得了农业部颁发的新兽药证书，并实现产业化。
