目前，影响养猪业的瓶颈已经不是猪种、饲料和市场，而是各种疾病所带来的威胁。因此，养猪户应特别注重防治猪病。
新疫病不断出现。猪繁殖和呼吸障碍综合症1987年首次在美国被发现，不到10年的时间，该病迅速扩散蔓延至世界各国。断奶仔猪多系统综合症的传播速度，因种猪和肥猪的流通跨度加大而更加迅速，在短短的几年时间里已经遍布我国。国外刚发现的疾病，如尼帕病毒、猪盖他病毒、猪增生性肠炎等，也相继在国内发现。
传统疾病的非典型化。过去的许多典型病例，现在已经很难在临床上发现，取而代之的疾病是非典型化。如猪瘟，过去表现为高死亡率，而现在出现了母猪繁殖失常、新生仔猪先天感染、持续感染、免疫耐受和带毒等多种形式。
免疫系统被攻击。许多病原，如猪繁殖和呼吸障碍综合症、伪狂犬、猪流感和猪圆环病毒，造成的损害不仅是发病，更主要的是造成猪群的免疫抑制，由此引起的多种低致病性的病原复合症，甚至达到难以控制的程度。
呼吸道病复合症日益突出。现代工厂化养猪，猪舍小气候环境恶劣，加上频繁周转，引起应激反应增加，造成猪只机体抵抗力下降，猪呼吸系统传染病的发病越来越频繁。猪呼吸道疾病综合症是由病毒、细菌、环境应激和猪体免疫力低下相互作用引起的呼吸道疾病的总称。目前呼吸道病复合症几乎已是影响全球养猪业经济效益的头号疾病，在我国猪场普遍发生，而且很难清除。
初次暴发死亡惨重。近年来新出现的传染病，在初次暴发时，由于猪群尚未建立有效的特异性免疫屏障，往往呈急性爆发，迅速蔓延，死亡惨重。
循环感染带病生产。在繁殖、保育、育肥一条龙连续作业的集约化高密度饲养模式下，疫病一旦传入，通过母仔间的垂直传播和由“老”的育肥猪向“年轻的”育肥猪的逆向传播，造成病原在猪群中的循环感染，严重影响猪群的生产性能。
