一、渔药药理学等基础理论滞后，渔药使用存在盲目性
我国对渔药药动学的研究起始于上世纪90年代末，先后对氯霉素、环丙沙星、呋喃唑酮和磺胺二甲嘧啶等渔药在罗非鱼、中华绒螯蟹、南美白对虾及中华鳖等水生动物体内的代谢动力学和残留消除规律进行了研究，并比较研究了给药方式、给药剂量和年龄等因素对药动学的影响，制订了一些渔药的最高残留限量及其相应的休药期。但与社会发展的要求还存在着较大差距，如研究的药物种类少，特别是对药物的代谢产物的研究尚未涉及；研究的水产动物种类有限；对病理模式下的药动学规律尚不清楚；对影响药动学和药效学的因素的研究还很欠缺等。我国在制订残留限量、休药期、给药剂量及用药规范等方面的资料比较缺乏，导致渔药的使用存在着很大的盲目性。
二、有效安全的渔药及其剂型匮乏，制剂的工艺水平低
渔药企业是我国渔药开发的主体，由于企业急功近利，忽视基础研究，导致我国渔药的科技含量低，某些渔药虽然价格低、效果明显，但对人体和环境危害较大。目前我国大部分渔药来源于农药、人药或兽药，至今尚未形成水产养殖专用的渔药系列。此外，对禁用渔药替代品的研究未能及时跟上，以致禁用渔药屡禁不止。剂型与制剂的多样性与其用途的专一性，是药物发展的重要标志之一。渔药的剂型和给予方式不同，机体吸收渔药的速率和数量不同，药效也发生差异，不少氧化剂由于没有合适剂型，极易失效，甚至发生意外爆炸。
三、渔药市场无序竞争较为严重
2005年是我国渔药生产企业大调整的一年。渔药生产企业的GMP认证，渔药的“地标”升“国标”工作，虽促进了渔药生产企业的整合、调整和大洗牌，为渔药的规范生产创造了条件，但不同程度地使渔药市场出现了一些混乱。某些无意认证的渔药生产企业，不甘心“关、停、并”，纷纷借势转为经营企业，但仍以生产企业的模式运作；产品良莠不齐、以次充好的现象屡见不鲜，破坏了诚实守信、守规经营的市场规则；渔药产品的合格率得不到保证。
四、乱用、滥用渔药现象严重，威胁着水产品的安全
以专业户占主导地位的我国水产养殖行业，养殖技术水平还处在一个较低的水平，特别是在渔药使用上，一旦养殖品种患病，往往盲目用药，存在着严重的安全隐患。据调查，我国渔药残留产生的原因主要是渔民规范用药、安全用药的意识差，主要表现在：1.不遵守休药期的有关规定或者缺乏休药期的意识；2.不正确使用渔药，在用药剂量、给药途径、用药部位和用药动物的种类等方面不符合用药规定；3.按错误的用药方法用药；4.不做用药记录；5.上市前使用渔药；6.由于对水产动物疾病及其防治缺乏认识，疾病发生后乱用药、乱投药。渔药的滥用，也会对生态环境产生较大的毒副作用。
五、渔药的滥用，导致病原体耐药性的增加
自1945年磺胺药成功地应用于治疗鳟鱼疖疮病以来，土霉素、卡那霉素、嗯喹酸、氟甲喹等药物相继在鱼类中应用，化学药物治疗成为防治细菌性鱼病的重要手段。但养殖生产中为了使治疗达到快速有效的结果，在药效不明显的情况下，往往过量用药。由于渔药的使用范围和剂量加大，养殖水体病原体的耐药性问题日趋严重。
六、渔药的给予方法所造成的负面影响，尚缺乏有效的解决途径
渔药的给予大部分是要通过水媒体，其方式有口服、泼洒、浸浴和注射。当水产动物患病，食欲下降甚至不摄食时，口服法就不能实施，且该法不可避免在水中有部分的溶失；泼洒是渔药给予最常用的方法，但它不仅会对水产动物造成较大的应激，而且会对环境造成不利的影响；浸浴和注射因要捕捞水产动物进行处理，在应用时有较大的局限性。渔药的给予方法所产生的负面效应，在一定程度上不仅不能有效地控制水产动物的疾病，而且还会给水产品的质量和环境的安全带来一些不利的影响。值得提出的是，目前我国有较多养殖区还采用向水体大量泼洒抗生素、农药等化学物质的方法治疗水产动物疾病，已对水域环境的安全造成了威胁。
七、缺少渔药评价的方法和平台
正确、全面的药效评价体系不仅关系到渔药的研制与开发，而且关系到健康养殖和水产品安全。目前，国内在评价药效时较片面，如对抗生素药效的影响因素研究较少，国内仅宋晓玲等在体外测定了水中有机质含量对几种渔药最低抑菌浓度(MIC)和最低杀菌浓度(MBC)的影响。大多数免疫刺激剂的评价标准、检测指标难以确定、检测手段还较落后。中草药由于所含成分较多，且许多化学结构不明，其不同的作用可由不同的成分产生，或某一作用是若干成分共同作用的结果，因此关于药效的评价受到了很大的局限，基本上停留在检测MIC(MBC)和抑菌浓度指数(FIC)上。国外对渔药毒理学的研究比较细致深入，涉及到毒理学各个研究范畴，而我国很多渔药都缺乏严格而较全面的毒理学数据，如目前在水产上被批准使用的有机磷类、有机氯类、菊酯类渔药、重金属盐类化合物及中草药都鲜有特殊毒理、水域生态毒性方面的研究，无法对其进行正确的安全性评价。
