全国奶站清理整顿和监督管理视频会议之后，各省（区、市）立即成立领导小组，截止9月26日，全国31个省（区、市）都成立了由分管副省长（副主席、副市长）任组长，由农业和畜牧兽医等有关部门厅局级领导为成员的清理整顿领导小组，组织协调、统一指挥清理整顿行动。地（市）、县也相继成立相应的组织机构。
各地还出台了清理整顿行动方案，并按照全国奶站清理整顿和监督管理工作总体要求，制定了本辖区工作目标：严厉打击、坚决杜绝添加三聚氰胺等有毒有害化学物质的现象以及各种掺杂使假的违法行为；摸清奶站底数，将奶站100%纳入监督管理范围，规范奶站经营秩序，提升奶站整体素质，切实提高生鲜奶质量水平；建立奶站监督管理长效机制。
为了保证整顿行动稳步推进，各地细化了工作措施，落实了部门责任，强化了部门协作。山西省要求农业和畜牧兽医部门牵头协调奶站清理整顿工作，卫生部门加强奶站卫生条件审核管理，工商部门强化奶站营业执照审核管理和违法奶站查处，质检部门做好生产环节管理和检测工作，公安部门依法做好奶站查处工作。
