根据国务院和省政府推进兽医管理体制改革的有关要求，苏州市迅速制定出台改革方案，重点突破基层兽医管理体制改革工作，目前全市畜牧兽医管理体制改革工作已基本完成，机构、编制、人员、经费、工作等基本到位。
市级畜牧兽医管理体制改革全部到位。2006年4月18日，苏州市畜牧兽医局正式挂牌成立。2006年5月，组建了市动物卫生监督所。畜牧兽医站增挂动物疫病预防控制中心牌子。2007年1月经市编办批准，畜牧兽医局内增设畜牧兽医综合处。
所辖市、区及镇畜牧兽医管理体制改革基本完成。2006年8月，苏州市政府下发了《关于推进兽医管理体制改革的意见》（苏府［2006］96号），要求所辖各市（区）改革按照市级模式进行。目前，市（区）级基本上增挂了畜牧兽医局牌子，任命了畜牧兽医局局长，基本建成市（区）级行政管理、行政执法和技术支撑三个体系。特别是镇（区、街道）畜牧兽医站统一更名为动物防疫站，除个别区外，人、财、物全部划归市（区）垂直管理。
