截至8月29日15时，全市受灾场户1524个，生猪77841头、家禽4632070只、羊5008只、兔子15930只、大牲畜139头、蜂1447箱、其它72403头只，圈舍冲毁倒蹋203万平方米，直接经济损失2.95亿元。所有因灾死亡畜禽集中无害化处理已全面完成。
一是组织市、县两级畜牧兽医部门专业技术人员迅速赶往现场指导无害化处理工作。全市共出动救灾防疫技术人员7885人次。
二是协调全市9处无害化处理厂24小时运行，每天从其他县市区调度10一15辆无害化处理收集车，支援受灾最严重的寿光市，协助进行溺亡畜禽收集处理。
三是印发了中国动物疫病预防与控制中心2016年7月27日印发的《洪涝灾害动物疫病防控技术指南》，要求各相关县市严格按照技术指南要求进行深土掩埋无害化处理，确保不发生二次污染。
四是在每一个深埋现场拉上警戒线和设立警示牌，派专人看管，并持续消毒一周。
五是持续搜寻野外动物尸体，及时收集进行无害化处理。其中，寿光市在组织专业队伍进行拉网式收集的基础上，采取有奖收集溺亡畜禽的方法，发动群众搜集。
针对寿光稻田镇2个水淹肉鸡养殖场，8月28日下午，市畜牧兽医局会同寿光市政府进行现场会商，决定对其中水位较浅的毕家养殖场实施打捞收集进行无害化集中处理。29日早上7点，我局常祖领局长带领疫控专业技术人员赶赴寿光稻田镇毕家养殖场现场指挥调度，会同寿光市政府领导组织对毕家养殖场溺亡畜禽进行打捞、无害化处理及消毒灭源工作。随后省畜牧兽医局副局长杜明宏带领省疫控专家赶赴现场，一同指挥打捞清运。共出动无害化处理车辆3辆、装载机1辆，人员110人。截止下午13：00，8栋鸡舍溺亡肉鸡16万只已全部清理完毕，溺亡家禽已经由无害化处理厂处理，对养殖场及周边环境投放生石灰40吨，并进行了防疫消毒。针对水位较深(3至4米)水体水域较大的宋家养殖场，根据国家省两级专家意见不再打捞，已经在出入口及重点区域撒了生石灰，并定期进行消毒，同时对该场进行了隔离，由稻田镇兽医站派专人执守，发现死亡家禽及时收集处理。