我国各地的鸡、鸭、鹅的隐孢子虫感染是普遍存在的。隐孢子虫既可通过消化道，也可通过呼吸道引起感染。在生产上，消化道感染是由于鸡啄食了粪便污染的垫草、饲料或饮水中的卵囊；呼吸道感染是由于吸入环境中存在的卵囊。贝氏隐孢子虫卵囊不需在外界环境中发育，一经排出便具有感染性，迄今也尚未发现有传播媒介。由于贝氏隐孢子虫和火鸡隐孢子虫可感染多种禽类宿主，因而野禽也有可能作为本病的携带者。已知禽类隐孢子虫不感染哺乳动物，但是啮齿类动物(如大鼠和小鼠)，可能还有昆虫都有可能作为机械传播者，因而研究转运或传递宿主对传播隐孢子虫病的作用是很有必要的。
