针对当前我国创新药研发的企业重视不够、投入不足、基础研究没跟上等问题，北京市科学技术委员会副主任朱宝凤就如何提高我国创新药研发能力提出了一些建议。
她认为，我国要在创新药的研发和生产跻身于世界先进行列，首先要造就一批优秀的人才，其中包括优秀的技术人才和管理人才。应解决对从事应用基础和开发的科研人员激励机制的问题，探索无形资产入股时科学家的期权、股权问题，这里主要包括科研院所和企业内部的科研人员。创新药物的研发最终要走向市场，除需要优秀的技术人才外，还必须造就一支优秀的管理人才队伍。
其次，建议加强基础研究，为创新药的成功研发打下坚实基础。几乎所有发达国家的政府均把主要资金用于支持基础研究，而应用基础及开发研究的经费主要由企业投入，在创新药的研发上亦是如此。由于体制、机制等诸多原因，占目前主导地位的国有及国有控股企业尚难以成为创新主体。一般情况下，目前这类企业能斥巨资进行原始创新药研发的实力仍有不足。现阶段，尽快把各研究院所多年积累的成果推向产业化，设定一些产业化的重大专项加以支持是必要的。随着现代企业制度的普遍和有效建立，一批企业的投入实力增强，企业必将成为科技创新的主体。届时，政府的投入应该主要用于基础研究和前沿技术的应用基础研究。
其三是要以体制及机制改革入手，促使企业成为创新主体。民营企业的运行机制是有利于企业成为创新主体的。以浙江康恩贝公司为例，其近两年用于研发的投入已达１．２亿元人民币，约占销售收入的１０％，并计划在未来３年再投入２亿－３亿元用于新产品开发。现在的问题是如何使国有控股企业成为创新主体。朱宝凤认为，各级国资委或国有全资公司董事的责权利必须在现有基础上加以进一步明晰，要营造一个促使董事会在做出重大决策时充分考虑企业可持续发展的机制。只有这样，创新药的研制才有可能列入企业的科研计划中。同时要在国有及国资控股的医药企业中建立起有利于原始创新药研发的企业经营者的激励机制。
最后，进一步完善创新药研发的体系是必要的。新技术已成为新药研发的出发点及不可缺少的重要组成部分，跟踪前沿关键技术对于研发创新药显得十分重要。她建议，综合运用人类基因组和生物信息学的研究成果，基于结构和机制进行药物设计。将分子生物学、结构生物学、计算机辅助虚拟筛选、组合化学及高通量筛选等药物研究高新技术整合在一起，建立创新药物发现的平台，在多种与重要疾病相关的靶蛋白体系中进行实践。新药研发是系统工程，建议加强创新药研发系统的综合交叉集成，引导集中创制新药高新技术平台的建立，及高水平交叉学科研究人员组成的研究群体的形成，完善创新药研发体系。同时要加强关键瓶颈技术平台的建设，如制剂技术、药代平台等。
