随着畜牧业现代化程度的提高和规模化养殖场的不断推进，畜牧业与生态环境的矛盾日益突出，畜牧业对生态环境造成的不良影响逐步显现。目前，我国正处在建设社会主义新农村的关键时期，在发展畜牧业生产中，应积极建设一大批标准化、规模化的养殖小区和养殖场，高度重视环境保护问题，进一步总结分析畜牧业对环境造成污染的原因，探讨如何有效利用各种畜牧业废弃物，化害为利，及早防止由此造成的环境污染问题，将有助于推进现代畜牧业的科学发展。
如何才能有效地减少和防止畜牧业对生态环境的危害，建立畜牧业生产与环境的和谐关系呢？
笔者认为，在加快推进社会主义新农村建设过程中，在大力发展畜牧业生产的同时，必须要掌握生态平衡原理，加强畜牧业生态保护，发展生态环保型畜牧业，提高畜产品的品质和产品的附加值，全面提高畜牧业的生态效益、社会效益和经济效益，实现生态保护、畜牧业生产、农民增收的协调发展。笔者建议，要发展生态环保型畜牧业，应着重采取以下对策措施。
一是制定政策措施，扶持发展壮大龙头企业。应采取积极有效的财政、税收、信贷等方面的优惠政策，扶持发展壮大一批龙头企业，大力推进无公害畜产品生产，使绿色畜牧业的生态环境优势转化为现实的经济优势，增强消费者的信心，保证现代畜牧业健康持续发展。加强农村环境污染监测。将畜禽生产环境治理与新农村建设相结合，加大畜禽生产环境治理力度。像对待城市和工业污染一样监督农村环境污染问题，科学掌握畜牧业环境污染情况，为畜牧业的生态保护提供依据。
二是严格审批制度，规范养殖场建设。推行畜禽饲养场建设审批制度，当地政府、畜牧兽医和环保部门要对畜禽规模养殖场在建场前进行审批，凡环保措施不合要求的一律不审批。建立标准化畜禽饲养小区，形成规模优势和规模效益，对养殖场实行集中管理、统一卫生防疫、统一建设粪便处理设施，有效解决粪便污染问题。
三是加强行政执法，从养殖源头消灭污染源。加大畜牧兽医行政执法力度，对国家公布的违法兽药饲料生产企业及其产品进行重点监管。坚持实施兽药饲料产品质量抽检结果通报制度，将严重违规兽药饲料生产、经营企业列入黑名单，加大公开曝光力度，强化社会监督作用，提高农民维权意识。加强畜产品质量监测，加大假劣兽药饲料案件、违法行为的曝光力度，打击非法使用“瘦肉精”、苏丹红、三聚氰胺等对环境和人体具有极大威胁的禁用药品和有毒有害化学物质行为，确保畜产品安全。
四是推广生态养殖技术，强化粪污的无害化处理。大力推广发酵床养猪、稻田养鸭等生态养殖技术，积极推广“畜-沼-果”、“草-畜-沼”、“畜-沼-鱼”等生态循环的发展模式，促进以农养畜、以畜促农、农牧结合的可持续发展。按照人畜分离、独立建圈、沼气配套、循环利用、标准化建设的原则，对农村中小型规模养殖户进行环境治理的标准化改造，改变传统养殖脏、乱、差的状况。加强畜禽粪污的综合利用，对畜禽粪污一律进行无害化处理，力争做到养殖场粪污的零排放。
可以预见，控制和降低畜牧业污染已成为畜牧业生产、环境保护、卫生防疫等部门面临的共同问题，而大力推行生态养殖技术，提升畜产品卫生安全水平，将成为现代畜牧业得以持续健康发展的基石。