疾病的卫生防疫原则防治麝鼠疾病，必须贯彻防重于治的原则，否则，一旦麝鼠患病，养殖户将受到不必要的损失。为了提高麝鼠对疾病的抵抗力，必须加强饲养管理和疾病预防工作，其中搞好环境及饲料卫生，是麝鼠饲养场的首要任务。
饲养卫生生产区门口必须设有消毒槽，场内应保持清洁，定期除粪，食盆等要定期或食后要洗刷消毒。可采用下列消毒方法：
化学消毒常用的消毒药有氢氧化钠、石灰乳、漂白粉、来苏儿、新洁尔灭、甲醛、消毒净、百毒杀等。由于不同的病原体对不同的消毒药敏感度不同，因此，要根据具体情况、应用范围去选择消毒药，同时要准确掌握药物的剂量、浓度、作用及温度等，其使用方法通常有喷洒、撒布、浸泡和熏蒸法等。
