有害的疫苗反应并不能达到免疫的目的，应该尽量避免。有几种因素能影响疫苗反应的严重程度。这些因素包括鸡的质量、母源抗体水平、疫苗毒（菌）株和所接种的剂量、免疫途径、接种时间、免疫抑制、鸡舍通风和间隔时间、饮水、垫料和空气的质量等。
肉仔鸡正常的呼吸道疫苗反应通常在接种后4天开始，并维持5天左右。因为1日龄免疫后所产生的抗体的缓冲作用，在田间加强免疫后疫苗反应通常较轻。然而在冬季的几个月中，当鸡舍密闭保温，空气交换减少，空气质量下降，疫苗反应较重。
鸡舍中灰尘和氨气的积累，导致呼吸道疫苗反应更加严重，而且在两次免疫之间不会完全消失。呼吸道疫苗反应通常以流泪、呼吸道罗音和头部颤抖为特征。
