目前，在我国企业的员工关系管理中，主要存在五大问题：
第一，缺乏共同的愿景，导致员工关系管理的起点不清楚。企业的共同愿景首先必须是企业利益相关者的共同追求，由此，员工关系管理的起点是让员工认同企业的愿景。没有共同的愿景，缺乏共同的信念，就没有利益相关的前提。据估计，中国年度营业收入规模在2亿以上的企业存在清晰战略愿景的不到20%.很多企业也提出了远大的目标，但是目标的制定缺乏员工的参与，目标的宣贯远远不够，对于愿景的不认同也就在所难免。
第二，对短期利益的过度追逐，冲淡了企业内部员工关系管理的是非标准。企业的价值观规定了人们的基本思维模式和行为模式，是企业的伦理基准，是员工对事物共同的判定标准和行为准则，企业核心理念的深根必须通过制度去体现，价值观只有反复强化才会得到员工认同。中国很多行业的集中度都不高，企业面临激烈的竞争，如海尔这样的企业，亦是如此。他们经常在短期利益和长期利益之间摇摆不定，例如，诚信固然重要，但不诚信但却能带来业绩的行为往往得到褒奖，导致评判员工关系管理的是非标准模糊不清。
第三，缺乏完善的激励约束机制，导致员工关系管理根本的缺失。员工关系管理的根本是内部公平，调查显示，员工离职的第一原因不是薪酬水平低，而是员工的内部不公平感。内部不公平体现在激励、职业发展、授权等方面。从程序看，过程的不公平比结果的不公平更加突出。如何完善激励约束机制，建立科学合理的薪酬制度和晋升机制成为员工关系管理的根本。
第四，员工关系管理的主体不清晰，直线经理作为员工关系管理的首要责任人的理念没有得到广泛确认。在企业员工关系管理系统中，职能部门负责人和人力资源部门处于联结企业和员工的中心环节。人力资源部为公司员工关系管理的组织部门，广大的直线经理是员工关系管理的首要负责人，他们相互支持和配合，从而保证企业目标的实现。企业内部员工关系或者人力资源管理最大责任者是董事长或者总经理，但是这一观点在很多企业得不到确认，导致企业员工关系管理水平和效果得不到有效的体现。
第五，员工需求的实现程度不高，作为员工关系管理核心的心理契约总体失效。上个世纪七十年代，美国心理学家施恩提出了心理契约的概念。虽然心理契约不是有形的，但却发挥着有形契约的作用。目前企业对于合同、协议等契约比较重视，但对心理契约普遍忽视，企业没有清楚地了解每个员工的需求和发展愿望，并尽量予以满足，也没有对员工的需求进行适当的引导，导致员工需求期望的实现程度不高，老板和员工心理定位差距较大，双方的满意度都较低。