怀孕母畜发生疾病时应该慎重选择抗菌药物，以防止影响到胎儿的生长发育，临床上应禁用或慎用的抗菌药物主要有：
磺胺类 磺胺类药物通过干扰菌体叶酸代谢而发挥抑菌作用，对胎儿有一定危险，除非补充叶酸。长期应用磺胺类药物能抑制骨髓的造血功能，引起白细胞减少、粒细胞缺乏和溶血性贫血。磺胺类药物能透过胎盘屏障进入胎血，可引起新生仔畜黄疸等，并且使胎儿畸形，所以怀孕母畜禁用。
四环素类 四环素类药物可使家畜肝脏脂肪变性，呈急性肝损害。对骨骼组织的生长发育也有较严重的影响，且能透过胎盘屏障，引起胎儿的肝肾损害。此外，还能和二价离子如钙离子、铁离子等形成络和物，沉积在胎儿的牙齿和骨质中，抑制其生长。妊娠后期应用四环素类还可以引起胎儿颅内压升高和先天性白内障，以及先天性畸形。所以四环素类药物是怀孕母畜禁用的药物。
大环内酯类 红霉素虽然毒性较低，但可以透过胎盘进入乳汁。一般情况下，红霉素及其各种酯化物都是妊娠期和哺乳期母畜慎用的药物。
呋喃类 大剂量或长期连续使用呋喃类药物对家畜能产生毒性反应。本类药物可以透过胎盘屏障。对于红细胞中缺乏葡萄糖—6—磷酸脱氢酶和谷胱甘肽的家畜，可引起溶血性贫血和出血性变化，故怀孕母畜禁用。
抗菌增效剂 抗菌增效剂多属苄氨嘧啶类化合物，抗菌机制是抑制二氢叶酸还原酶，使二氢叶酸不能还原为四氢叶酸而阻碍细菌核酸的合成。动物实验证明抗菌增效剂能导致胎儿畸形，所以怀孕母畜应禁用。
氨基糖甙类 此类药物可损害第8对脑神经，造成前庭功能和听觉的损害，对肾脏也有较强的毒害作用，并且容易透过胎盘屏障，对胎儿造成较严重的损害，故禁用于怀孕母畜。
喹诺酮类 此类药物包括氟哌酸、环丙沙星、氧氟沙星等，可以透过胎盘屏障，具有抑制软骨生长的作用，故禁用于怀孕家畜。
5—硝基咪唑类 甲硝唑能抑制细菌的繁殖机能并使细胞的基因突变率增加，所以甲硝唑会导致畸形并能透过胎盘屏障，并从乳汁排泄，所以怀孕母畜和哺乳期母畜禁用。
多粘菌素类 具有肾毒性和神经毒性，可引起家畜蛋白尿、血尿，步态不稳，共济失调等症状，能通过胎盘屏障，对生物膜有破坏作用，不宜用于怀孕母畜。
霉菌药 多烯类（二性霉素B，制霉菌素）及灰黄霉素可通过胎盘屏障，具有肝肾毒性和致畸作用，为孕畜禁用药物。
古霉素 可透过胎盘屏障，引起胎儿第8对脑神经损害，孕畜应禁用。
怀孕母畜的抗菌药物可以选择青霉素类如青霉素G、氨苄青霉素等，头孢菌素类如头孢氨苄、头孢唑啉等对孕畜及胎儿没有毒性，可以放心使用。
