第一 缓解症状，抑制球虫的发育，促进机体迅速产生免疫力。
第二 应在最初症状（粪中带血）出现时，就应用药物治疗。
第三 合理地制订用药方案：根据实际情况合理地制订抗球虫药物用药方案，能提高抗球虫药物的作用效果，最大限度地延缓球虫耐药性的产生，这是应用抗球虫药物的关键。
1 穿梭用药:在同一批鸡中使用两种不同的抗球虫药，抗球虫药物的化学结构和作用方式不要相同，并且在球虫高发阶段使用高效抗球虫药物。由于针对不同生长阶段用药，因此穿梭用药在一定时间内效果较好，并能延缓耐药性的产生。
2 轮换用药:轮换用药是使用一种抗球虫药物一段时间以后换用另一种抗球虫药物，一般3个月至半年为期限进行轮换。轮换用药是通过改变不同化学结构和作用方式的药物来预防和控制球虫病，因而能较大限度地阻止球虫产生耐药性作用，效果较好。
第四 保护肠黏膜，促进肠黏膜的修复。急性盲肠球虫和小肠球虫都能不同程度地引起肠道出血、发炎，易继发和并发其他疾病，从而加重病情和加大死亡率，所以在治疗时，应该配合使用止血和消炎的药物。
第五 补充体液，消除自体中毒，调节体内电解质及酸碱平衡。鸡球虫病的发生可能影响营养物质的消化吸收和代谢，导致营养不良。大部分营养物质的长期缺乏会影响鸡体的免疫应答，增加对疾病的易感性，因此应该注意补充充足的营养。
第六 补充维生素K和维生素A。补充维生素K可大幅度降低柔嫩艾美耳球虫感染后的死亡率，因为维生素K可缩短血液凝固时间和阻止出血，维生素A可加速球虫病暴发后的康复。
预防球虫病发生的措施
第一 加强鸡场的管理，定期对鸡场进行消毒，勿将病原引入。
第二 及时治疗病禽，并注意加强粪便管理，及时清理打扫，进行生物发酵。平时要保持鸡场清洁干燥，定期清除粪便更换垫料。
第三 防止饲料、饮水、用具等被鸡粪污染，环境、用具要经常消毒，用开水烫、热碱水洗等。
第四 加强鸡舍和运动场的清洁卫生，消灭蚊蝇、鼠类等传播者。
第五 饲养人员要注意保持饲养场所固定，勿与其他鸡只接触以免将病原引入。
第六 加强饲料管理，提高机体抵抗力，给予富含维生素的全价饲料。若发生球虫病时，日粮中要限制麸皮和碳酸钙的含量，因其有促进球虫发育的物质。
第七 药物预防。在发病季节，对污染严重的鸡舍可对雏鸡进行药物预防，应从1日龄开始预防。
