很多中兽药散剂已经在临床上应用，但是大多只能用于预防动物疾病，真正能够用于治疗的中兽药很少，除非在中兽药里面加了西药。应用效果不理想的原因有三：
一是中兽药的制剂原因，部分开发出来的注射剂，如青开灵，鱼腥草注射液等，应用效果就很好，因此，中草药散剂应用效果差，主要是因为中兽药的有效成分不能充分发挥作用，或者说成是有效成分不能充分吸收，或者说是有效成分不足。
二是中兽药临床配伍不合理，这种情况有很多，很多养殖户用的中兽药处方，都不是根据自身养殖场或个例来开出来的处方，而是那些商品化的大众处方，这些处方当然不是万能，不是什么情况下都能应用的。中药很讲究事物的两面性，如果药物用反了，只会适得其返。
三是用药时期及至耐药性的问题，很多养殖户喜欢无论什么时候都加点中草药，认为中兽药是万能的，但是大家都知道，细菌的生存能力是很强的，难道就没有细菌能够适应中兽药能生存的可能性性，这是一个值得研究的问题，比如，现在就有很多人提出，抗生素，中兽药等可以和益生菌共用的问题，说明了细菌是可以和中草药共生的。这种共生作用有可能就是未来细菌对中草药抗药性研究的一个方向。
因此，目前我们要考虑的有中兽药是否真的不产生耐药性，还是中兽药的耐药性没有被我们发现。另一个就是中兽药的吸收问题和剂量问题，这是决定中兽药是否有效的一个关键因素。第三就是中兽药的配伍问题及临床应用问题。