猪繁殖呼吸综合症病毒与巨噬细胞有特殊的亲和力。巨噬细胞负责吞噬侵入体内的细菌和病毒，具有免疫方面的功能。然而巨噬细胞却无法消灭PRRS病毒。相反，PRRS病毒会在巨噬细胞体内增殖，并导致巨噬细胞死亡。这种病毒侵入猪群后会永远存在，并可随时激活。
染病后，患猪体内40％的巨噬细胞会被PRRS病毒杀死，免疫功能严重缺失，从而让其它细菌、病毒得以侵入、定殖。比如，感染PRRS后，生长猪或肥育猪群中地方性肺炎的病情会明显加剧。
PRRS可感染各类猪群，不论其健康状况如何，不论室内饲养还是户外饲养，也不论猪群大小。
第一次接触病毒后，猪群中全部种猪感染的过程最长可能需要一年的时间，尤其是规模较大的猪群。需4～5个月之后才会有90％的母猪血清学检查呈阳性。有的母猪仍然呈阴性。而且，有的猪群感染1～2年后仍有20％的母猪呈阴性，这种情况并不少见。不过血清学试验呈阴性并不说明母猪没有免疫力、不能向后代传递母源抗体。成年猪只向体外排毒的阶段较短（14天），而生长猪排毒阶段则比较长，可达1～2个月。
不同猪群的疾病表现差异很大。比如有三个猪群都是第一次接触PRRS病毒，一个可能根本观察不到症状，一个会表现轻微症状，而另一个则会表现中度甚至严重的症状。这种情况的原因尚不明了。可能因为病毒存在变异，有的毒株毒力较弱，有的毒力较强。不过可以肯定，猪群健康状况越好，其PRRS发病的症状就越轻。
