对龟苗进行消毒处理，可以提高龟的成活率，预防疾病发生。目前，养殖户大多采用漂白粉、高锰酸钾、食盐和抗生素等药物消毒。在消毒之前，必须对龟苗进行检查（包括混养的鱼类），然后根据不同的病原体，分别采用不同的药物进行消毒处理。所以，难度大、要求高，稍有差错就易产生副作用，养殖户不易掌握。
采用维生素C溶液对龟苗进行消毒，对龟苗的皮肤既有保护作用，又有杀菌效果。方法：用一只直径1米的塑料大盆，装8公斤水，放入4克维生素C原粉，搅拌使其充分溶解后放入160只龟苗，浸泡10分钟即可消毒杀菌，然后放养。养殖户可根据所养龟苗数量，定量用药，一般一盆药水可消毒800只龟苗。