合理地使用抗菌药物来防治畜禽疾病，对于畜牧业的发展起到了促进和推动作用，然而不合理、盲目滥用药物不但起不到治疗、控制疾病的作用，反而会引起疗效下降或消失、动物中毒、耐药性产生及药物残留等多种不良后果，并使治疗费用增加。因此，临床上应合理使用抗菌药物，以达到杀灭病原微生物和控制感染，并防止不良后果发生的目的。那么，怎样才能做到合理用药呢？
1.贯彻“预防为主，防重于治＂的原则
根据当时、当地以及本单位疫情发生与流行情况，无病时有目的地使用疫苗预防接种，有计划地使用预防性药物进行预防，发生疾病时则根据实际情况进行治疗。
2.正确的诊断是合理用药的先决条件
畜禽一旦发病后，应尽可能采取各种诊断手段对病因进行确证。根据诊断的结果，确定病原菌，及早选择对该病原微生物高度敏感、不良反应小的药物进行治疗。有条件的地方可分离病原菌，进行药敏试验，根据其结果有针对性地选择药物，避免盲目用药。
3.选好药品
用药时根据“有效、经济、安全、方便＂的原则选用药物。选择质量有保证、信誉好的兽药厂家的产品，绝对不能贪图便宜而选用一些无厂名、厂址、无批准文号、无出厂日期、无有效成分含量、价格较低，但疗效不确实的药物，也不能使用过期药物。
4.剂量适宜
抗菌药物的剂量一定要适当，不宜太大或过少。剂量过少，达不到有效治疗浓度，起不到治疗作用，且易导致耐药性菌株的产生；剂量太大，既造成浪费，使用药成本增高，又会引起毒副反应和药物残留。对较急病情，首次或首天用加倍量，以便给病原菌以致命性打击，随后第二、三天用维持量。对肝、肾功能不良的病畜，应按所用抗菌药物影响肝、肾程度而酌减用量，主要经肾排泄的抗菌药物，在用于治疗泌尿系统感染时，用量不宜过大。
5.适当的疗程
一般传染病和感染症应连续用药3-5天，直至症状消失后，再用药1-2天，以巩固疗效。对于一些慢性感染，则应适当延长疗程，如鸡传染性鼻炎，治疗用药应不少于7天，否则易复发。用药时间过短，起不到彻底杀灭病原菌的作用，易导致旧病复发，给再次治疗带来困难；用药时间过长，同样会造成药物浪费、药物残留及动物中毒。
6.恰当的给药途径
常用的给药方法有拌料、饮水和注射。给药途径的选择应根据药物本身的特性、剂型、病情及病畜禽的食欲和饮水状况而定。对于易溶于水且其水溶液稳定的药物可采用饮水给药，为了保证效果，饮水给药前应停水1-2小时。对于难溶于或不溶于水的药物则用拌料给药，拌料给药时要注意充分混合均匀，防止拌料不均，引起个别畜禽摄入量不足而起不到治疗作用，或个别畜禽摄入量过大而引起中毒。对于胃肠道难吸收的药物，需及时控制病情发展，对一些全身性疾病（如败血症）等的治疗则宜采用注射给药。对于给药较多的（如家禽）则口服给药较为方便，而对于零星散养的家畜则注射给药疗效可靠。
7.注意药物之间的配伍
临床上联合用药目的在于通过配伍使用不同的药物获得协同或相加作用，从而可以提高疗效、减少药物用量、降低或避免毒性反应、防止或延缓耐药菌株的产生，如市售的利高霉素是林可霉素与壮观霉素的合剂。但配伍不当会产生配伍禁忌，影响其疗效，甚至带来不良后果，如青霉素与四环素合并用药，使青霉素的作用受到干扰，两种氨基甙类药物合用其毒性增强。因此，临床上多种药物合用时，要考虑不同药物的作用机制和理化性质之间是否有配伍禁忌，决定是否能联合使用，尤其是注射液之间的配伍应更值得注意。
8.轮换用药，防止耐药性的产生
长期使用某一种抗菌药，病原微生物易产生耐药性，从而降低药物的疗效或使药物失效。因此有必要选择几种有效药物交替使用，这样能避免或延缓病原微生物产生耐药性，充分发挥药物的作用。对于反复发生的疾病，应更换长期未用过的药物或新品种，从而有利于控制疾病发展。
9.应激时用药
在动物长途运输、转群、气候突变及家禽断喙的情况下，选用多种维生素、抗菌药物等抗应激剂进行拌料或饮水，连用3-5天，以防止动物发生应激、机体抵抗力下降，而诱发其他疾病。
10.防止影响免疫反应，造成免疫失败 某些抗菌药（如庆大霉素、金霉素）等具有免疫抑制作用，因此在畜禽免疫接种期间，应尽量不用上述有免疫抑制作用的抗菌药。此外，抗菌药对活菌苗（如猪丹毒弱毒疫苗、仔猪副伤寒弱毒菌苗、禽霍乱弱毒苗）等有抑制或杀灭作用，影响抗体产生，故在进行活菌苗免疫接种的前后数天内，最好不要使用抗生素及化学合成抗菌药。
11.采取综合性治疗措施
在使用抗菌药物进行对因治疗的同时，要注意采取综合性防治措施，如加强饲养管理、增强机体的抵抗力、采取适当必要的对症治疗、严格的消毒卫生工作、纠正电解质和酸碱平衡等，以提高药物治疗效果。
12.足够的休药期
为了保障人们的身体健康和促进外贸出口，应严格控制兽药在畜禽体内的残留。临床用药时，尽量选择残留期短的药物，并根据药物在动物体内残留特性，在屠宰前要有足够的时间停药，以免兽药残留污染动物性食品。如敌菌净(二甲氧苄氨嘧啶)，猪、禽混饲给药时，需屠宰前10天停药。
