导致子猪腹泻的最常见因素是大肠杆菌病、低血糖症、传染性胃肠炎（TGE）、梭菌性肠炎（CE）、球虫病和轮状病毒性肠炎（RE），这六种疾病是断奶前子猪腹泻病的主要病因。此外，不常发生的某些病症，其主要症状为腹泻的还有类圆线虫侵袭、猪痢疾（SD）猪丹毒和沙门氏菌病；伪狂犬病（PR）和弓形虫病也能引起子猪腹泻，但腹泻不是其主要临床表现。
暴发性腹泻并迅速传播的病症常与病毒感染有关。隐性发生、缓慢传播、随时间延长而逐渐加重腹泻症的多见于细菌性疾病或寄生虫病。
根据发病日龄判断：根据猪首次发生腹泻的日龄可大致判断出病因。出生后第1天或第2天发生的腹泻可能是由大肠杆菌、低血糖或梭菌性肠炎引起的；球虫性腹泻最早发生于5日龄~7日龄；地方流行性传染性胃肠炎、轮状病毒性肠炎、猪痢疾、沙门氏菌病和猪丹毒引起的腹泻常发生在1周龄以后。大肠杆菌和无乳症引起的腹泻除见于生后头几天，也常见于3周龄的子猪。各种日龄的子猪发生急性严重腹泻是地方流行性传染性胃肠炎和伪狂犬病的典型特征。无明显发病时间并可感染各种日龄子猪的不太严重的腹泻可能是由大肠杆菌病和轮状病毒性肠炎引起的。
