腹泻未必全是细菌感染所致，如腹部受凉引起肠蠕动加快；对乳品、鱼、虾及蟹等食物过敏引起肠的变态反应；外出旅行或迁居外地因生活环境的改变使肠道内正常菌群的生活环境发生变化，从而发生了“菌群失调症”而引起的厌食、呕吐、腹痛甚至腹泻不止等症状。诸如此类的腹泻并不是细菌感染所致。还有些腹泻，如婴幼儿秋冬季腹泻和夏季“流行性腹泻”系病毒感染所引起，而霉菌性肠炎是由霉菌引起。既然病原不同，治疗方法就不应该完全相同，所以应用抗菌药物应当慎重。许多抗菌药物，尤其是口服后可引起不同程度的胃肠道不良反应，如恶心、呕吐、腹泻或食欲下降，甚至影响肝脏、肾脏和造血功能，其中以广谱抗菌药物引起的胃肠道不良反应较为严重。因此腹泻不能随便应用抗菌药物。
