凡是具有灭菌作用的消毒剂，无疑对动物机体也都有一定的毒副作用，如组织腐蚀、吸收中毒、特异性致敏等，请养猪人谨记以下6大毒副作用：
1、对动物和人健康的危害。很多消毒剂都有刺激性，例如甲醛、过氧乙酸、含氯消毒剂等。有的刺激眼睛，引起流泪、水肿；有的刺激呼吸道，引起打喷嚏、咳嗽、气管和喉头水肿；有的引起皮疹或使动物烦躁不安等。
2、成为某些疾病的帮凶。猪的呼吸系统和消化系统是与外界相通的，我们在对饮水消毒的时候，就是在对猪的消化系统黏膜进行破坏，对猪的消化吸收功能影响很大，甚至会诱发肠道疾病。当我们做带猪消毒时，雾化的消毒液可对呼吸系统黏膜造成伤害，可能导致猪的第一道天然防御屏障被破坏，从而使得致病菌能够长驱直入，侵害猪的呼吸系统。同时，消毒工作的本身对猪也是一种应激。
3、损伤器具。很多消毒剂腐蚀性都是很强的，如石灰水、苛性钠、过氧乙酸等，对金属围栏、金属饲槽等有很强的腐蚀性。被腐蚀的器具很容易污染和存留细菌、病毒，如破伤风杆菌等。
4、降低环境的自净能力。在频繁和不规范的消毒情况下，有益微生物也被杀灭，而一些耐药微生物会更加猖獗，并大量的繁殖并扩散，对人类和动物生产造成更严重的危害。
5、导致病原微生物抗逆性增强。长期大量的使用消毒剂，会使消毒效果明显降低，甚至完全失效。例如，在污水中已经发现了含有抗甲醛的绿脓杆菌、肠球菌和伤寒杆菌，对季铵盐类产生耐受性的葡萄球菌、白色念珠菌。
6、可能引起生物变异。消毒剂的长期大量使用，会促使生物遗传物质发生突变，这种突变是很细微的，但经过数代甚至多代以后，量变引起质变，可能出现新的有害变种
