猪小袋纤毛虫病的病原为结肠小袋纤毛虫，主要寄生于猪的结肠，其次为直肠和育肠。虫体生活史分滋养体及包囊两个阶段。滋养体呈椭圆形，一般长50~200微米，宽30~100微米。虫体表面有许多纤毛，排列成略带斜形的纵行；纤毛作规津性运动，使虫体以较快速度旋转向前运动。虫体内有大、小核各一。大核大多位于虫体中央，呈肾形；小核甚小，呈球形，位于大核的凹陷处。虫体内还有伸缩泡和食物泡。包囊呈圆形或椭圆形，直径40~60微米，囊壁厚而透明，淡黄色或浅绿色，在新形成的包囊内，可清晰见到滋养体在囊内活动，但不久即变成一团颗粒状的细胞质(图4-8)。
当猪吞食了被包囊污染的饮水或饲料后，囊壁在肠内被消化，包囊内虫体脱囊而出，转变为滋养体，进入大肠，以淀粉，肠壁细胞、红细胞、白细胞、细菌等肠内容物为食料。一般清况下。结肠小袋纤毛虫为共生者，仅在宿主消化功能紊乱或肠粘膜有损伤时，虫体才乘机侵入肠组织，引起溃疡。虫体以横二分裂法进行繁殖；部分滋养体变圆，其分泌物形成坚韧的囊壁包围虫体，成为包囊，随宿主粪便排出体外。包囊抵抗力较强，常温(18~20℃)能存活20天，－6~－28℃能存活100天。
