随着抗菌药在养殖业上的广泛使用，药物残留对人类生存的潜在隐患日益突出。因此，为了充分发挥抗菌药的作用及尽量减少其危害，各级政府特别是专业职能主管部门有责任积极推动普及安全用药知识和建立安全用药的保障制度，以帮助养殖企业(户)科学、合理使用抗菌药，防止和规避由此引发的重大损失和灾害。是药三分毒，日常管理还是要以保健为主才是最好的。
饲养动物滥用抗菌药，还可以导致耐药菌株的出现。越来越多的证据表明动物源性耐药性菌株可以经生态链传染给人。抗菌药的残留及耐药性的产生可严重影响到人类的健康，甚至威胁到人类的生命。
抗菌药残留可通过直接和间接两种方式影响人类健康。直接影响主要是由消费者食用了含游离、或结合形式存在的抗菌药原药和(或)其主要的代谢物的动物食品引起的。
某些抗菌药或代谢产物，被人摄入后在体内可生成高度活化的中间产物(亲电子基团、自由基等)，从而对消费者产生潜在危害。间接影响主要是由于动物生产过程中使用的某些稳定性较高的抗菌药进入环境后，经过食物链的富集作用，经食物进入人体内，对人体健康产生不良影响。专家指出，人体长期摄入低剂量的抗菌药，会逐渐在体内蓄积而导致各种器官发生病变，甚至癌变。主要表现为：一般急、慢性毒性、特殊毒性(致畸、致突变或致癌作用)、激素样作用、过敏反应、对人类胃肠道微生物的影响等多个方面。可对人体神经系统、血液系统、肝、肾、消化系统等产生毒害作用，削弱对某些疾病的抵抗力。
专家强调，药物一旦进入环境将逐渐被分散到土壤、水和空气中，并经过吸附、水解、光解和微生物降解等一系列生物转化过程，直接或间接地对环态境生造成影响。药物还可通过影响环境微生物的种类和数量，而降低土壤微生物对农药、重金属等其他污染物的固定或降解能力。另外，药物还可随动物的粪尿和城市污水施入农田，对农田植物的生长发育和对土壤养分的吸收产生影响。