微生物发酵饲料的作用主要体现在两个方面，一是利用廉价的农业和轻工副产物生产高质量的饲料蛋白原料，二是获得高活性的有益微生物。这些微生物制品的应用，一方面可以提高饲料的转化率,促进畜禽生长;另一方面可以调节动物的微生态平衡,提高动物的健康水平。还有一些活菌剂可以用于治疗动物疾病。在水产动物养殖中推广应用微生物发酵饲料，可以减少抗菌素的使用，有利于生产安全食品，提高产品出口的竞争力。
补充有益菌，调节动物的微生态平衡
健康动物肠道内生长着各种各样的微生物群落，各种微生物群落之间相互依存、相互制约，构成畜禽肠道内微生态系统的平衡，建立一个正常且平衡良好的肠道微生物区系对抵御病原性微生物感染具有十分重要的意义。由于微生物之间存在着相互作用，某一生态系统中现存的微生物会阻止新的有机体在这一部位的入侵，有益菌通过竞争性抑制作用阻止有害微生物在肠粘膜附着与繁殖。因此对那些菌群形成迟缓或有障碍的动物服用微生物饲料有着十分重要的意义。而对于成年动物由于许多微生物只能在肠道内存活相当一段时间，必须连续服用活菌制剂才能保持某一微生物在肠道内的定植。
化学屏障作用
通过有益微生物如乳酸菌类产生的有机酸(乳酸、丙酸、乙酸)使消化道内pH值降低，抑制其他病原微生物生长，环境pH值为4时大肠杆菌和沙门氏菌不能增殖，起到了维持肠道菌群平衡促生长的作用，同时消化道内的酸性环境促进了矿物质元素钙、磷、铁以及维生素D的吸收和利用。
产生有益代谢物，抑制和杀死有害菌
有益微生物可产生肽细菌素、酶类及少量无机物，可以抑制有害菌的生长或阻止有害菌毒素在上皮细胞的粘附和侵入。如乳酸菌和链球菌产生的乳酸链球菌肽能抑制沙门氏菌、志贺氏菌、绿脓杆菌和大肠杆菌的生长;嗜乳酸杆菌和保加利亚乳杆菌可以产生少量过氧化氢抑制革兰氏阴性病原菌的生长;乳酸杆菌和双歧杆菌产生的胞外糖苷酶可以阻止细菌毒素的入侵。
