发病鸡群首先表现为采食量减少、精神沉郁、翅膀下垂，泄殖腔周围羽毛被粪便污染，闭目呆卧，继而出现拉稀或者血便。
剖检肉鸡可见十二指肠，小肠前段、中断，盲肠有不同的病变。十二指肠、小肠有点状出血，肠黏膜增厚或者脱落；盲肠变粗，内有血样内容物，盲肠壁增厚。
球虫病的危害主要有5个方面，一是盲肠球虫可导致鸡的大批发病和死亡，根据调查，2006年莱州市沙河镇总存栏量为63320羽,发病鸡14835羽,山东省发病率23% ；病死6069羽，病死率41%。
二是慢性球虫病可导致肠黏膜损伤，影响饲料消化吸收，使鸡增重缓慢，饲料消耗增加，饲料报酬降低；并且感染鸡群(非典型性) 因饲料报酬降低所造成的损失远远高于临床死亡所造成的损失。
三是影响鸡只生长和发育，出栏上市延后10～20天。
四是影响产品质量，使用抗球虫药后，造成药物残留，间接影响人类健康；
五是防治球虫病的药费开支增加，据测算，平均每只鸡增加0.3～0.5元。
