波尔山羊及其杂交羊经常患流感和眼病，养殖户应经常加以预防并给予及时治疗才行。
羊流感。
波尔山羊耐高温不耐低温，酷暑中即便暴晒也很少中暑。但一入秋，羊只早晨大多不太愿意出圈，易患感冒，流鼻涕。表现为精神沉郁，食欲减退或不食，呼吸急促（每分钟120次左右），肺部无明显锣音，体温达40.5℃左右。一般用青霉素、链霉素治疗无效。
治疗方法：每天上午用复方氨基比林20毫升，下午用安乃近20毫升肌肉注射，连用2天，另加地塞米松10毫升注射。经过治疗，第3天可痊愈。为预防继发感染，可每天每100公斤体重用长效青霉素10毫升、卡那霉素250万单位分别作肌肉注射，每天2次。
羊眼病。
多发生在温湿度较高的夏秋季节，传染很快，多呈地方性流行。发病率可达90%～100%，但病死率很低。病羊流泪，羞明，疼痛，结膜充血，浮肿，角膜混浊，严重的角膜呈云雾状，最后视力可能完全丧失。病羊精神沉郁，食欲下降，生长缓慢，掉膘。
防治方法：（1）用生理盐水或2%硼酸、0.5%～1%的明矾溶液进行冲洗。（2）用氯霉素、氟哌酸或红霉素、金霉素眼药膏（水）点眼治疗。（3）用皮脂类固醇药物（如地塞米松、0.1%～0.2%氢化可的松）配合抗生素、麻醉药进行结膜下注射治疗。