在应用抗菌药治疗畜禽疾病的过程中，除要密切注意药效外，还要注意可能出现的不良反应。对肝脏功能不全的病例，应禁用或慎用磺胺类药物，还应调整给药剂量或延长给药间隔时间，以尽量避免抗菌药物的蓄积中毒，同时还要注意抗菌药物在动物性食品中的残留问题。
动物机体的体质状态不同，对药物的反应也有一定差异。体质衰弱或营养不良的动物对药物的敏感性较高，易产生不良反应。新生的幼龄动物，南于血脑屏障机能尚未完全形成，对药物的敏感性较高，所以，不少药物对幼龄动物可能出现明显的不良反应。许多抗菌药物，特别是磺胺类，用量过大或混饲时搅拌不匀，易引起畜禽中毒。在临床实践中，要注意所用抗菌药的规格大小，严格掌握用法用量，从而把对机体的有害作用降低到最小程度。一些抗菌药物能引起家禽的生产性能下降，如磺胺类药物可使产蛋量下降，用抗菌药物浸泡种蛋可降低孵化率，一些抗菌药能影响禽体的维生素平衡和免疫反应等。
