肉鸡肠毒综合征病初无明显症状，少数急性病例未见任何症状便突然倒地死亡，发病中期鸡只离群呆立，羽毛松乱，喜挤堆，采食下降，排黄白色、黄绿色、灰褐色或者水样稀便，个别出现西红柿样粪便，发病后期个别鸡出现神经症状，头部震颤，惊叫瘫痪死亡。病理变化在发病的早期，十二指肠、空肠的卵黄前部分黏膜增厚，颜色呈灰白色，像一层层的麸皮，极易剥离，肠黏膜增厚，肠壁增厚，肠腔空虚，内容物较少，有的内容物为尚未消化的饲料。
到病程中后期，肠壁变薄、脆弱、扩张，充满气体，黏膜脱落，肠内容物呈蛋清样、黏脓样、西红柿样。有的在十二指肠段有火柴头大小的出血点，有时在整个肠道可见到大小不一的出血点或出血斑。盲肠扁桃体肿胀、出血，肝脏质脆、发黄，心冠脂肪增生，点状出血，挤压腺胃乳头有大量的黏液流出，肾脏多尿酸盐沉积，肠黏膜上附着黄绿色假膜，肠黏膜严重溃疡、坏死、完全脱落、崩解。其他器官一般无明显变化。
配合黄芪多糖成分的药物或增强免疫力的药物，如黄芪多糖、芪抗、安疫肽(主要成分：胸腺肽+转移因子等)等来治疗。同时加强饲养管理，及时给鸡只补充营养，增强抵抗力(可补充一些提高机体免疫力的药物、添加剂、饮料等营养物质)。做好卫生、消毒工作，防止球虫病暴发及其他继发感染的发生。
