一、长期使用消毒药。养鸭户在进行活疫苗的接种时，连续应用消毒药物进行带鸡喷雾消毒或将水消毒。这样使得疫苗中的病毒（细菌）不能在机体中充分繁殖，从而影响免疫效果。有的养鸭户长期应用腐蚀性消毒药物（如高锰酸钾）给鸭饮水消毒，损害了口腔、食道鼻腔等消化道和呼吸道粘膜。在这期间使用鸭瘟、鸭肝等疫苗进行免疫预防，机体便不能很好的建立免疫应答，使免疫失败。同时，不容易分解的消毒药进入肠道后还杀灭正常的菌群，引起消化不良。
二、不注意药物之间的配伍。养殖户不懂药物之间的相互作用，认为多种药物合用，就会增加疗效。常见到养殖户把磺胺类药同喹诺酮类药物合用，其结果造成喹诺酮类药物疗效降低或失效，不仅起不到治疗作用，而且提高了治疗成本。临床常见的不合理配伍用药很多，如：红霉素类和磺胺类合用，庆大霉素与青霉素类、卡那霉素类与喹诺酮类等。
三、用药剂量不当。一旦肉鸭发病，往往对整群肉鸭进行长期超剂量用药，养殖户认为药物剂量越大，效果越好，因此无限制地随意加大用药剂量，结果使肉鸭机体内脏器官受损，代谢失调，甚至出现药物蓄积、残留甚至中毒。
四、不对症治疗。肉鸭由于转换饲料未适应时，矿物质和电解质不平衡等导致的腹泻。而养殖户立即长期使用抗生素，其结果杀死或抑制了肠道正常细菌群而使致病性细菌迅速繁殖，导致腹泻更加严重，久治难愈。还有些养鸭户治疗肉鸭的病毒性疾病，仅仅只用抗菌药物，忽略了对症治疗和调节电解质平衡、补充能量。
五、给药方法不当，疗程不足。任何药物都有一定的给药方式，根据药物的性质，鸭的生理特点等决定了药物的给药途径不同。肉鸭在一般情况下最好拌料，也可饮水，但剂量加倍；当严重时还可以注射。许多养殖户不仅存在着给药方法不当的现象，而且还有用药治疗不彻底的问题。用药治病都有一定的疗程，一般用药时间为5－7天，有的养殖户投药2－3天，刚看到病情好转，就停药，或者马上换别的药物。由于药物在血液中的有效浓度不够，使得病情反复发作。
六、化学药物长期使用。许多养殖户认为肉鸭饲养周期短，一般不做疫苗预防，不管肉鸭有无疾病，总是经常不断地在肉鸭饲料中或饮水中添加大量化学药物，如磺胺类。其最终结果是肉鸭产生耐药性甚至中毒，在疫病发生时，再使用这类兽药时，增大了治疗难度，增加了治疗成本。
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