猪流感由正粘病毒科中A型流感病毒引起。流感病毒呈多形态，有球形、丝状或不规则状，中等大小，有囊膜。囊膜表面上突出的糖蛋白，通常称为“纤突”，是主要的表面抗原，由血凝素（H）和神经氨酸酶（N）两种组成。血凝素与病毒吸附红细胞有关，并引起红细胞凝集，还能诱导病毒囊膜与细胞膜融合。神经氨酸酶能使病毒从红细胞上下来，也可使病毒从感染的细胞中释放出来。
病毒基因组是由8个单股RNA段组成，编码10种病毒蛋白。根据H和N蛋白的抗原性关系，流感病毒被分为A、B或C型。迄今所有A型流感病毒中已鉴定有15种血凝素和9种神经氨酸酶。在猪中广泛流行的3个最常见的流感亚型是H1N1、类禽源H1N1、类人源H3N3。最近报导从猪分离到H3N2亚型。流感病毒对干燥和低温抵抗力强大，冻干或-70℃可保存数年，60℃20分钟可被灭活，一般的消毒药都有很好的杀灭作用。病毒对碘特别敏感。
