仔猪水肿病与链球菌感染引起的脑膜炎在临床上都会出现急性死亡、都会出现神经症状，很容易混淆。最终确诊需要进行细菌的分离培养、鉴定。
临床实践上可通过以下几点进行区别并做初步诊断：
(1)听叫声
仔猪水肿病由于患病猪喉头、声带等发声组织和器官发生水肿，表现为叫声嘶哑;链球菌型脑膜炎由于患病猪神经多处于敏感或兴奋状态，一般会发生尖叫、空嚼和磨牙。
(2)看运动
仔猪水肿病患病猪所产生的运动障碍常在四肢同时发生;而链球菌引起的脑膜炎的患病猪所产生的运动障碍常有侧重，或前肢重、或后肢重或一侧重，典型的脑膜炎病猪同时伴有转圈现象。
(3)测体温
仔猪水肿病的患病猪体温一般处于正常范围，而链球菌性脑膜炎的患病猪猪体温一般会有升高。
(4)查粪便
仔猪水肿病的患病猪在发病初期常伴有腹泻现象，而链球菌型脑膜炎的患病猪常出现便秘。
(5)看体表
典型的仔猪水肿病的患病猪一般会出现眼睑水肿、头部皮下水肿，一般不会出现皮肤颜色的变化，而链球菌型脑膜炎的患病猪常常在耳尖、四肢下端、腹部等部位出现发绀。
