根据环保部、农业部、商务部办公厅《关于2009年畜禽养殖和生猪屠宰行业环保联合督查的通知》（环办〔2009〕118号）精神，2009年10月，环保部、农业部、商务部联合督查组将采取区县（自治县）自查为主，市级抽查、国家级督查相结合的形式对重庆市畜禽养殖及生猪屠宰行业环保情况进行督查。
此次检查对象为规模化畜禽养殖场和生猪定点屠宰厂（场）。检查区域为重点对辖区内集中式生活饮用水源地和生活饮用水源保护区、自然保护区、风景名胜区、城市和城镇人口集中区域等环境敏感区、政府依法划定的禁养区以及三峡库区流域进行清理检查。检查内容包括规模化畜禽养殖场专项执法检查情况；生猪定点屠宰厂（场）环境管理情况；查处环境违法行为并督促企业整改等内容。